| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 184 (0.970) | 17 (0.100) | 12/142 | NT | 10.9% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 115 (0.680) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1901408‑1901310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/1901351‑1901440 TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 1:1572322/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 2:545865/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 1:2132564/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA < 2:1723540/91‑1TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA < 2:1723539/91‑1TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 2:1596275/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 2:1595538/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 2:2352343/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 2:1356164/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 1:3076099/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTCTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 1:3359998/1‑91 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAAT > 2:67276/1‑91 AAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACGCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATC < 2:3826279/91‑1 AGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCA > 2:598360/1‑91 AGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCA > 2:597886/1‑91 GATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCAC < 1:2934744/91‑1 GATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCAC < 1:2932186/91‑1 GATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCAC < 1:2932303/91‑1 ATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACC > 1:1395683/1‑91 ATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACC < 1:3204840/91‑1 TAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCT < 1:3641885/91‑1 AAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATT > 2:2007229/1‑91 AAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTAATCAATGAAGAACCTAGAGTATATTTTGCAATTTCAATATCTATATTT > 2:2007163/1‑91 AGGTGATTAGCCATGTCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTA > 1:122769/1‑91 GTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATC > 1:3674442/1‑91 TGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCT > 1:3267643/1‑91 GATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTT > 1:3703749/1‑91 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 2:3213770/1‑91 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 1:3426327/1‑91 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 1:3426279/1‑91 AGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAAT > 1:2274173/1‑91 GCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATA > 2:2513639/1‑91 ATCTTGACTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCATAACCAAGAGTCTATTTTGCAAAATCAATACGTATAATTTCTCTTTAATACCCct > 2:3608987/1‑89 TGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAA > 1:3387831/1‑91 TGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAA > 1:3387796/1‑91 TGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAA > 1:3311259/1‑91 GAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAAT > 2:3655716/1‑91 GTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTA > 1:2563210/1‑91 AATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAA < 2:755172/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:1813339/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:285300/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:285861/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 2:502157/91‑1 CACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATCATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTT > 2:2420021/1‑91 ACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTA < 2:516784/91‑1 ACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTA < 2:2510322/91‑1 ACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTA < 2:1451900/91‑1 CCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAA > 2:2071707/1‑91 CCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAA > 2:2659024/1‑91 CCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAA > 2:1113751/1‑91 CTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAA < 2:1314670/91‑1 CTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAA < 2:1314669/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:1341672/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:2021212/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:1792173/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > 1:3862235/1‑91 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > 1:1299883/1‑91 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTCGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 1:3113549/91‑1 TTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > 2:278538/1‑91 TTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > 2:139044/1‑91 TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1901408‑1901310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/1901351‑1901440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |