| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 184 (0.970) | 17 (0.100) | 12/142 | NT | 10.9% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 115 (0.680) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
ATTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAA > USA300TCH1516_ALE/1901220‑1901397 | atTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTa < 1:218892/91‑1 (MQ=255)atTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTa < 2:263175/91‑1 (MQ=255)atTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTa < 2:272989/91‑1 (MQ=255)aatttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaa > 2:139044‑M1/91‑91 (MQ=255) atttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcgaaatatactctttgttctgcattgaaaaa < 1:3113549‑M1/2‑1 (MQ=255) atttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaaa < 2:2021212‑M1/2‑1 (MQ=255) tttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAg < 2:1314670‑M1/3‑1 (MQ=255) tAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAg < 2:3478464/91‑1 (MQ=255) aaTCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAgg < 1:3498715/91‑1 (MQ=255) taaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGt < 2:2510322‑M1/5‑1 (MQ=255) aTCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGt < 1:2907938/91‑1 (MQ=255) tctcATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTg < 1:1090092/91‑1 (MQ=255) tctcATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTg > 2:2111812/1‑91 (MQ=255) tctcATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTg > 2:1071769/1‑91 (MQ=255) 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aTTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTg > 2:1542599/1‑91 (MQ=255) aTTAGTAATTCTATTTATGATTTATAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTg < 2:2764743/91‑1 (MQ=255) ttAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTgg < 1:2988098/91‑1 (MQ=255) tAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGc < 2:1893430/91‑1 (MQ=255) tAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGc < 2:3620047/91‑1 (MQ=255) aGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGcc < 1:2284840/91‑1 (MQ=255) gTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCa < 2:932763/91‑1 (MQ=255) gTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCa > 2:2291722/1‑91 (MQ=255) tAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTAGCCAt < 2:1466648/91‑1 (MQ=255) aaTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATa < 1:1345604/91‑1 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac > 2:2405295/1‑91 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac > 1:620753/1‑91 (MQ=255) attaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTc > 2:3655716‑M1/71‑91 (MQ=255) ttaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCa > 1:3387796‑M1/70‑91 (MQ=255) aTTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCa < 1:530593/91‑1 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa > 2:1847327/1‑91 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa > 2:1347879/1‑91 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa < 1:686239/91‑1 (MQ=255) aTGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGat > 2:873169/1‑91 (MQ=255) aTGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGat > 2:1234209/1‑91 (MQ=255) tGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGata < 1:1747469/91‑1 (MQ=255) tttttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATgg > 2:1687139/1‑91 (MQ=255) ttttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGc < 2:3539210/91‑1 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTa < 1:843405/91‑1 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaa < 2:220625/91‑1 (MQ=255) aaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 1:3426279‑M1/57‑91 (MQ=255) aaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 2:3213770‑M1/57‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 2:1313436/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:2027852/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:53694/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt < 1:2457042/91‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATc > 2:2518762/1‑91 (MQ=255) aagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATc > 1:3703749‑M1/56‑91 (MQ=255) tCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCa > 1:1610963/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAc < 2:3164453/91‑1 (MQ=255) gTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAcc < 2:1955366/91‑1 (MQ=255) taaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGACATGGCTAATCACCt > 1:122769‑M1/52‑91 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtt > 1:412606/1‑91 (MQ=255) aaatatagatattgaaattgcaaaatatactctaggttcttcattgattAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCttt > 2:2007163‑M1/50‑91 (MQ=255) aCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTc > 1:2671409/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |