| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 184 (0.970) | 17 (0.100) | 12/142 | NT | 10.9% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 115 (0.680) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATTA > USA300TCH1516_ALE/1901261‑1901441 | aattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCttt > 2:2007229‑M1/50‑91 (MQ=255)aaatatagatattgaaattgcaaaatatactctaggttcttcattgattAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCttt > 2:2007163‑M1/50‑91 (MQ=255) aaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCtttt < 1:514977/91‑1 (MQ=255) aCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTc < 1:2245501/91‑1 (MQ=255) aCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGACTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTc < 2:2491759/91‑1 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa > 1:1094201/1‑91 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa < 1:359887/91‑1 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATAAACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa > 1:3119561/1‑91 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt > 2:873301/1‑91 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt > 2:872455/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAtt > 2:3856242/1‑90 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 1:1341672/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 2:2564793/1‑91 (MQ=255) gCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGc > 2:1578847/1‑91 (MQ=255) 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aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag < 1:2810337/91‑1 (MQ=255) aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag < 1:2010837/91‑1 (MQ=255) tACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGta < 2:2735777/91‑1 (MQ=255) cccTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGtata > 1:2395243/1‑91 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 2:646426/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 2:3075028/91‑1 (MQ=255) tGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtttt < 1:502141/91‑1 (MQ=255) gATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATATACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTg > 1:3284919/1‑91 (MQ=255) gATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTg > 1:153046/1‑91 (MQ=255) gATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTg < 2:1205986/91‑1 (MQ=255) aTTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGc < 2:2957941/91‑1 (MQ=255) aTTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAAAGTATATTTTGc < 1:2967910/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa > 2:621917/1‑91 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa < 1:3792791/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaa < 2:2061758/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaa > 2:1914216/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 2:1783519/1‑91 (MQ=255) aaataaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATc > 1:1916200/1‑91 (MQ=255) ataaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCaa > 1:197304/1‑91 (MQ=255) aaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAata > 1:320799/1‑91 (MQ=255) aaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAata < 2:3410665/91‑1 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat < 2:1293344/91‑1 (MQ=255) atTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATc < 2:440492/91‑1 (MQ=255) atTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATc < 2:789011/91‑1 (MQ=255) cAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCtat > 2:676661/1‑91 (MQ=255) aaCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCtata > 1:1837409/1‑91 (MQ=255) aCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATaa > 2:1808581/1‑91 (MQ=255) aggtgattagccatgtcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTa > 1:122769‑M2/41‑91 (MQ=255) GGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt > 1:1395683‑M1/1‑91 (MQ=255) gtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc > 1:3674442‑M2/39‑91 (MQ=255) GTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc < 1:2934744‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc < 1:2932186‑M1/91‑1 (MQ=255) 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accttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTa < 2:1451900‑M2/86‑1 (MQ=255) cttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTaaa < 2:1314670‑M2/88‑1 (MQ=255) ttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAt > 1:1299883‑M2/3‑91 (MQ=255) ttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAt < 2:2021212‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAtt > 2:278538‑M2/2‑91 (MQ=255) tTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAtt > 2:139044‑M2/2‑91 (MQ=255) | AAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATTA > USA300TCH1516_ALE/1901261‑1901441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |