| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1928287 = | 180 (0.940) | 25 (0.150) | 13/140 | NT | 14.0% | intergenic (‑241/+60) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1928329 = | 151 (0.910) | intergenic (‑283/+18) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
CTTTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1928385‑1928287‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcatagccaATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATAT > USA300TCH1516_ALE/1928329‑1928418 CTTTTAGTTTATATATTTTTATTTATTTTAAATAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGTCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTT > 2:311191/1‑91 TTTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTC < 1:2442303/91‑1 TTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCA < 1:2584872/91‑1 TTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCA > 2:2024184/1‑91 TTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCA > 1:1260106/1‑91 TTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCA > 1:601898/1‑91 TTTAGTCTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCA > 2:2296360/1‑91 TTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCAT < 1:3763417/91‑1 TTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCAT < 1:3764209/91‑1 TTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCAT > 1:1926829/1‑91 TTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCAT > 1:1996584/1‑91 TAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATA < 1:1821971/91‑1 TAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATA < 2:731031/91‑1 TAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATA < 2:3514992/91‑1 TAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATA < 1:812356/91‑1 TAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATA < 2:3201056/91‑1 TAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATA > 1:3567041/1‑91 AGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGTTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAG < 1:3030544/91‑1 AGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAG < 2:2260390/91‑1 AGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAG < 2:99164/91‑1 GTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGC > 1:1712450/1‑91 GTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGC < 1:3825247/91‑1 GTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGC < 1:3825113/91‑1 GTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGC > 2:955410/1‑91 TTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCC < 2:829949/91‑1 TTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCC < 1:878710/91‑1 TTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCC < 1:533004/91‑1 TTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCC > 2:88803/1‑91 TTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCC > 1:316143/1‑91 TTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAGACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTACGGGGATAGAATTTTTCATAGCCA < 2:3511775/91‑1 TTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCA > 1:2767010/1‑91 ATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAA > 2:3242388/1‑91 TAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAT > 2:896430/1‑91 TAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAT > 2:78762/1‑91 TAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAT > 1:3215256/1‑91 GCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATAT > 1:225385/1‑91 GCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATAT > 1:225329/1‑91 GCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATAT > 2:212921/1‑91 CATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATA > 1:3818023/1‑91 ATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATAT > 2:1162097/1‑91 TTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATCCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATA > 2:938282/1‑91 GGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAA > 2:3607321/1‑91 TATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTA > 1:1247269/1‑91 TATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTA > 1:1242547/1‑91 TATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTA > 1:1242489/1‑91 ATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAA > 1:691977/1‑91 ATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAA > 1:691733/1‑91 ATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAA > 2:666690/1‑91 ATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAA > 1:3701800/1‑91 ATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAA > 1:3701692/1‑91 ATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAA > 1:3656733/1‑91 AAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAG > 1:1272399/1‑91 AAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCAT > 1:589145/1‑91 AAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGCTTCATGTCATTTCTTTAAAAATCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCAa > 2:454995/1‑90 TATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTA > 1:2509323/1‑91 GGGGATAGAATTTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACA > 1:421281/1‑91 TTTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATT < 2:2509323/91‑1 TTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGC < 2:1997320/91‑1 TTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGC > 2:866202/1‑91 TTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGC < 1:48504/91‑1 TCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCC > 2:1673577/1‑91 TCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCC > 2:807529/1‑91 CATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCG > 1:119350/1‑91 CATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCG < 1:2678242/91‑1 CATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCG < 1:2679055/91‑1 CATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCG > 1:3811956/1‑91 CATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCG > 1:3812103/1‑91 TAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAA < 1:1017551/91‑1 TAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAA < 1:121676/91‑1 GCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATA < 1:663578/91‑1 GCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATA > 2:1057949/1‑91 CAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATA > 2:972958/1‑91 CAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATA > 2:2900950/1‑91 AATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATAT > 2:1978511/1‑91 AATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATAT > 1:1880389/1‑91 AATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATAT < 2:947406/91‑1 CTTTTAGTTTATATATTTTTAGGAATTTTAAAGAAATGACATGAAACAAATTAGCATTGGCTATGAAGAAATCTATGGGGATAGAATTTTTCATAGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1928385‑1928287‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcatagccaATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAAACTAAAAGCATAAGTAACACAGCAAAAATTGCCGAATATAT > USA300TCH1516_ALE/1928329‑1928418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |