| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1928287 = | 180 (0.940) | 25 (0.150) | 13/140 | NT | 14.0% | intergenic (‑241/+60) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1928329 = | 151 (0.910) | intergenic (‑283/+18) | USA300HOU_RS09565/USA300HOU_RS09575 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TCCGCTTCATATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAA > USA300TCH1516_ALE/1928197‑1928377 | tCCGCTTCATATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAAT > 2:1410055‑M1/1‑91 (MQ=255)atatattcggcaatttttgctgtgttacttatgcttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatt > 2:1978511‑M1/91‑91 (MQ=255) tattcggcaatttttgctgtgttacttatgcttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGc < 1:663578‑M1/4‑1 (MQ=255) gCTTCATATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGC > 1:1154865‑M1/1‑91 (MQ=255) cggcaatttttgctgtgttacttatgcttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATg > 1:119350‑M1/84‑91 (MQ=255) cggcaatttttgctgtgttacttatgcttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATg > 1:3812103‑M1/84‑91 (MQ=255) cATATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATG > 2:3632034‑M1/1‑91 (MQ=255) cATATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATG < 1:2061866‑M1/91‑1 (MQ=255) gcaatttttgctgtgttacttatgcttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGaa < 1:48504‑M1/10‑1 (MQ=255) aatCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaa > 2:605084/3‑91 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:3159125/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:3498065/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGaaaa < 1:644951/91‑1 (MQ=255) aatttttgctgtgttacttatgcttttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGaaaa < 2:2509323‑M1/12‑1 (MQ=255) cATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAt < 1:3708237/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATGTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAAtt < 2:88897/91‑1 (MQ=255) tttttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTc < 1:556562/91‑1 (MQ=255) tttttGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTc < 2:2762458/91‑1 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc < 2:1517357/91‑1 (MQ=255) tGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATc > 2:663578/1‑91 (MQ=255) gTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATcc > 2:1228623/1‑91 (MQ=255) gTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATcc > 2:2477196/1‑91 (MQ=255) gTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATcc < 1:1019079/91‑1 (MQ=255) tCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATccc > 1:2006094/1‑91 (MQ=255) tCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATccc < 1:3383108/91‑1 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa > 2:692540/1‑91 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa > 1:1012139/1‑91 (MQ=255) cAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGCTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCa > 2:3811888/1‑91 (MQ=255) gtgtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAg > 1:1826004/1‑91 (MQ=255) gtgtTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTAAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAg < 2:1073554/91‑1 (MQ=255) ttCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGAtt < 1:441007/91‑1 (MQ=255) tttttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCt < 1:2899324‑M2/91‑2 (MQ=255) ttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttca > 2:340814‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttca > 2:2218884‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttca < 2:3596251‑M2/91‑5 (MQ=255) ttagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCAt > 1:3656733‑M1/55‑91 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCGTGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcat < 2:2000900‑M1/91‑28 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcat < 1:890427‑M2/91‑6 (MQ=255) tCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcat > 1:3328008‑M2/1‑86 (MQ=255) tagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATa > 1:1242489‑M1/54‑91 (MQ=255) tagtttatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATa > 1:1247269‑M1/54‑91 (MQ=255) aaTTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatag < 1:137852‑M2/91‑8 (MQ=255) ttattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATTCTCTTTTAAAAAATTGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagcc < 2:240135‑M2/91‑10 (MQ=255) ttattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagcc < 1:1599988‑M1/91‑32 (MQ=255) tattTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagcca < 1:2820354‑M1/91‑33 (MQ=255) tatatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattaggatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCaa > 2:938282‑M1/49‑91 (MQ=255) atatatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAAt > 2:1162097‑M1/48‑91 (MQ=255) ttgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattt < 1:304577‑M1/91‑36 (MQ=255) tgattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc < 2:1593751/91‑1 (MQ=255) atatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc > 1:225385‑M1/46‑91 (MQ=255) atatttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGc > 2:212921‑M1/46‑91 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttt < 1:1060854‑M1/91‑38 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 2:1018068/91‑1 (MQ=255) gattgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCt < 1:1982645/91‑1 (MQ=255) attgaCGGTTTTCCAATTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTAAACAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTa > 2:3188114/1‑91 (MQ=25) attgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTa > 1:1730277/1‑91 (MQ=255) ttttaggaattttaaagaaatgacatgaaacaaattagcatTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt > 2:3242388‑M1/42‑91 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt < 2:2769616/91‑1 (MQ=255) tgaCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAt < 1:154860/91‑1 (MQ=255) aCGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAAttt > 2:2312344/1‑91 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc < 2:407017/91‑1 (MQ=255) tttCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTc > 1:3486110/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 1:3216211/91‑1 (MQ=255) tCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCAt < 2:1648298/91‑1 (MQ=255) ccAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATg < 1:2776850/91‑1 (MQ=255) cAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGt > 2:1690033/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCa > 2:176395/1‑91 (MQ=255) tttACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTc > 1:1869839/1‑91 (MQ=255) tACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt > 1:1468912/1‑91 (MQ=255) tACTTCATGCTCTTTCAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCtt < 2:1872047/91‑1 (MQ=255) aCTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttt < 2:3776847/91‑1 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCttaa < 1:287602/91‑3 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 1:2667671/1‑91 (MQ=255) cTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTa > 2:2893305/1‑91 (MQ=255) tCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTaaa > 2:2606287/1‑91 (MQ=255) aTGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAt > 1:2546195/1‑91 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAtt < 1:3682872/91‑1 (MQ=255) tGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAAtt > 2:2875425/1‑91 (MQ=255) 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aaaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaa < 1:2558866‑M2/91‑57 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaa < 2:504846‑M2/91‑58 (MQ=255) aaTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAatatat < 2:1126790/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaat < 2:2415723‑M2/91‑59 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaat < 1:2596701‑M2/91‑59 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttctaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaagccgtcaatcaaat < 1:3884939‑M2/91‑59 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata < 2:2906897/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata < 2:1060013/91‑1 (MQ=255) aTGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAAtatata > 1:947406/1‑91 (MQ=255) tGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaata > 1:1897387‑M1/1‑10 (MQ=255) tGGCTATGAAgaaatctatggggatagaatttttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaata < 1:2666174‑M1/91‑82 (MQ=255) tGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaata < 1:1296760‑M2/91‑60 (MQ=255) tGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaata < 1:1657880‑M2/91‑60 (MQ=255) tGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCttcatagccattttttaaaagagcatgaagtaaaaaattggaaaaccgtcaatcaaata < 1:235951‑M2/91‑60 (MQ=255) | TCCGCTTCATATTCATTTTTGTCCAAGTGTTCTTTTTCAATTATTTGATTGACGGTTTTCCAATTTTTTACTTCATGCTCTTTTAAAAAATGGCTATGAAAAATTCTATCCCCATAGATTTCTTCATAGCCAATGCTAATTTGTTTCATGTCATTTCTTTAAAATTCCTAAAAATATATAA > USA300TCH1516_ALE/1928197‑1928377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |