| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1939370 = | 204 (1.070) | 15 (0.080) | 8/154 | NT | 7.4% | intergenic (‑229/+134) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1939419 = | 178 (0.970) | intergenic (‑278/+85) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
AACTAACATTTATTAATATATATTGCATTATTTAATATGCATCAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1939461‑1939370‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTAAGTTTTAATTATT > USA300TCH1516_ALE/1939419‑1939508 AACTAACATTTATTAATATATATTGCATTATTTAATATGCATCAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTT < 1:1544774/91‑1 ACTAACATTTATTAATATATATTGCATTATTTAATATGCATCAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTT < 1:2013463/91‑1 ACTAACATTTATTAATATATATTGCATTATTTAATATGCATCAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTT < 1:83760/91‑1 TATGCATCAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAA > 1:980644/1‑91 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAG > 1:654713/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGT > 1:3366832/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGT > 1:3583165/1‑91 TCAACGATTGATTTTCACCAACCCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTAT > 1:2370592/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAT > 1:2703301/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAT > 2:196709/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAT > 2:2120523/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAT > 2:2120535/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAT > 2:2121134/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAT > 2:2602660/1‑91 ACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATT > 2:52713/1‑91 ACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATCAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATT > 1:3878768/1‑91 GATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTT > 2:489991/1‑91 TTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGT > 1:2120035/1‑91 TTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTAAGTTTTAATTA < 1:495254/91‑1 TTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTAAGTTTTAATTAT < 1:1202868/91‑1 TGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTAAGTTTTAATTATT < 2:1430462/91‑1 AACTAACATTTATTAATATATATTGCATTATTTAATATGCATCAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1939461‑1939370‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTAAGTTTTAATTATT > USA300TCH1516_ALE/1939419‑1939508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |