New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1939370 = | 204 (1.070) | 15 (0.080) | 8/154 | NT | 7.4% | intergenic (‑229/+134) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
? | USA300TCH1516_ALE | 1939419 = | 178 (0.970) | intergenic (‑278/+85) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
ATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTAAGTTTTAATTATTT > USA300TCH1516_ALE/1939329‑1939509 | cTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATg > 2:665860/1‑91 (MQ=255) cTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATg < 2:2587103/91‑1 (MQ=255) ttAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGc < 1:102414/91‑1 (MQ=255) aaTGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCat < 2:2672348/91‑1 (MQ=255) ttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata > 1:980644‑M1/35‑91 (MQ=255) atgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata < 1:708434/91‑1 (MQ=255) atgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata > 2:2314459/1‑91 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:807372/91‑1 (MQ=255) tgatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:1472292/91‑1 (MQ=255) tgaggTCAACAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCatat < 1:3488093/91‑1 (MQ=255) gatgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATAtt < 1:942160/91‑1 (MQ=255) atgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTa < 2:1970179/91‑1 (MQ=255) tgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCata > 1:3761298/1‑87 (MQ=255) tgTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTaa < 1:3254116/91‑1 (MQ=255) 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aaGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGc < 2:2810487/91‑1 (MQ=255) aaGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGc < 2:1781186/91‑1 (MQ=255) aaGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGc > 1:3074025/1‑91 (MQ=255) gttgttCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCACTCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCaa > 2:3829296/1‑91 (MQ=255) ttcattcaTACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatata > 2:3670759/1‑91 (MQ=255) tcattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatat < 1:1229881/91‑1 (MQ=255) cattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatata > 1:2628198/1‑91 (MQ=255) cattcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAatatata < 2:1307419/91‑1 (MQ=255) ttcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATAtt > 2:1201956/1‑91 (MQ=255) ttcatACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATAtt < 2:2630888/91‑1 (MQ=255) catacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaa < 2:1040351/91‑1 (MQ=255) catacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaa < 1:415233/91‑1 (MQ=255) tacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaata > 2:1938103/1‑91 (MQ=255) tacataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaata > 2:3649830/1‑91 (MQ=255) acataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATtaataa > 1:2523396/1‑91 (MQ=255) cataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATaaa < 1:990609/91‑1 (MQ=255) ataaataaAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAAt < 1:2952351/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg > 2:1507796/1‑91 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg < 2:2717663/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAAAGCAATATATATTAATAAATg > 2:301794/1‑91 (MQ=255) aaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgt < 2:3237434/91‑1 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag > 1:2464117/1‑91 (MQ=255) AAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttagtt < 1:1544774‑M1/91‑1 (MQ=255) ccAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTtata < 2:844517/91‑1 (MQ=255) caatcaacgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAg > 1:654713‑M2/45‑91 (MQ=255) cAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAg > 1:877510/1‑91 (MQ=255) aatcaacgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGt > 1:3366832‑M2/44‑91 (MQ=255) aaTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGt < 2:2786014/91‑1 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGta > 1:1430462/1‑91 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGta > 1:52059/1‑91 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGta > 2:2711034/1‑91 (MQ=255) aTCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGta > 1:722001/1‑91 (MQ=255) tcaacgattgattttcaccaacccaattgttgattggttttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGtat > 1:2370592‑M2/42‑91 (MQ=255) tCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGtat < 1:3145814/91‑1 (MQ=255) aacgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTatat > 1:2703301‑M2/40‑91 (MQ=255) aacgattgattttcaccaactcaattgttgattggctttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTatat > 2:2120535‑M2/40‑91 (MQ=255) aacaaTTGTGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTatat > 2:2222265/1‑91 (MQ=255) aacaaTTGTGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTatat > 2:2222475/1‑91 (MQ=255) acgattgattttcaccaactcaattgttgattggttttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtt > 2:52713‑M2/39‑91 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtt > 2:1830110/1‑91 (MQ=255) acaaTTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtt > 2:3461284/1‑91 (MQ=255) gattgattttcaccaactcaattgttgattggctttGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATAtttt > 2:489991‑M2/37‑91 (MQ=255) ttGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGt < 2:1006584/91‑1 (MQ=255) gAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCa < 2:3552743/91‑1 (MQ=255) gTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAgg > 2:1623630/1‑91 (MQ=255) gTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAgg < 1:1889808/91‑1 (MQ=255) gTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAgg > 1:2464734/1‑91 (MQ=255) ggTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGAtt > 1:225041/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |