| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1939370 = | 204 (1.070) | 15 (0.080) | 8/154 | NT | 7.4% | intergenic (‑229/+134) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1939419 = | 178 (0.970) | intergenic (‑278/+85) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AAATTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGT > USA300TCH1516_ALE/1939280‑1939460 | aataattaaaacttagacattcacccaatcctgacaaaatatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatca < 2:1430462‑M1/1‑1 (MQ=255)aaaTTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATA > 1:3750211‑M1/1‑91 (MQ=255) ataattaaaacttagacattcacccaatcctgacaaaatatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcaa < 1:1202868‑M1/2‑1 (MQ=255) aaTTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAA > 1:807342‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAA < 2:3080993‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAA < 1:46997‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aatatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGt > 2:52713‑M1/54‑91 (MQ=255) aaaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGt < 2:2956446/91‑1 (MQ=255) aaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGtt < 2:3267171/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTg < 2:2266494/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTg < 2:2845750/91‑1 (MQ=255) atactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAACCAATCAACAATTGGGTTGGTGAAAATCAATCGTTGa > 1:2370592‑M1/51‑91 (MQ=255) tCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAaccaatcaacgattgattttcaccaactcaattgttgat < 1:2921711‑M1/91‑40 (MQ=255) tCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGAt < 2:1937176/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |