| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 205 (1.080) | 15 (0.090) | 9/142 | NT | 8.0% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 164 (0.970) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAATGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1946165‑1946068‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaatggttAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCA > USA300TCH1516_ALE/1946105‑1946194 GACGCCATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG > 1:3066533/1‑91GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG > 1:1812353/1‑91GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG > 2:918584/1‑91GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG > 2:917997/1‑91GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG < 2:2800800/91‑1 ACGACATGCGCGAACATGTTGTCTAAGCAAGCCAAACTCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA < 1:314009/91‑1 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA > 2:2883570/1‑91 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA < 1:3842819/91‑1 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA > 1:2891055/1‑91 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA < 2:1895919/91‑1 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA < 2:1422174/91‑1 CGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCCTTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAA > 2:1012591/1‑91 CGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAA > 2:1928800/1‑91 CGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAA > 1:3877592/1‑91 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CCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTGAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTC > 1:3620474/1‑91 CAACTTGCCAAAGTTCATGCGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGTTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCT > 1:3301723/1‑91 AAAGTTAATGCGGAATGGTTAAAACAGTATTCTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATGTTTAC > 2:2788859/1‑91 AAAGTTAATGCGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCCGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTAC > 2:2243949/1‑91 GAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATA > 2:2790072/1‑91 GAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATA > 2:2336067/1‑91 GAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATA < 2:154414/91‑1 GAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATA < 2:1305518/91‑1 AATGGTTAAAAGAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAA < 2:145642/91‑1 AATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAA < 1:3274870/91‑1 AATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAA < 1:1944028/91‑1 ATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAAC < 1:2925958/91‑1 TGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACA < 1:1909605/91‑1 TGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACA > 1:1641885/1‑91 GGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACAC < 1:903256/91‑1 TTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTCTTTTTACATTTATATAATAACACGC > 2:1305094/1‑91 TTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGC > 2:3296092/1‑91 TTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGATTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGC > 1:1499252/1‑91 TAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCA < 1:867610/91‑1 GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAATGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1946165‑1946068‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaatggttAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCA > USA300TCH1516_ALE/1946105‑1946194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |