| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 205 (1.080) | 15 (0.090) | 9/142 | NT | 8.0% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 164 (0.970) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
AGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCAA > USA300TCH1516_ALE/1946015‑1946195 | aGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTa > 1:2697064/1‑91 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaa > 1:3296626/1‑91 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaa < 1:1651977/91‑1 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaa < 1:594886/91‑1 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaa > 2:3487096/1‑91 (MQ=255) ccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTaaaa < 2:189598/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |