| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 205 (1.080) | 15 (0.090) | 9/142 | NT | 8.0% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 164 (0.970) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
AAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCA > USA300TCH1516_ALE/1945978‑1946158 | tgcgtgttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatattttttta < 1:867610‑M1/1‑1 (MQ=255)aaaaCATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATaaaaaa < 2:3697728/91‑1 (MQ=255) aaaCATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATaaaaaaa < 2:2107011/91‑1 (MQ=255) gtgttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAAcc < 1:903256‑M1/4‑1 (MQ=255) gttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCAt < 1:2925958‑M1/6‑1 (MQ=255) ttattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCAtt < 1:1944028‑M1/7‑1 (MQ=255) tattatataaatgtaaaaataagacgacatgcgcgaacatgtcgtctaagcaagccaaacgctggcttctaaaatatttttttAACCATTc < 2:154414‑M1/8‑1 (MQ=255) aataaCTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTcc > 2:3564487/1‑91 (MQ=255) ataaCTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCg > 1:2517932/1‑91 (MQ=255) taactaacCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGc < 2:324213/91‑1 (MQ=255) actaacCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCAt < 1:2497223/91‑1 (MQ=255) ctaacCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCAtt > 1:3218466/1‑91 (MQ=255) acCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAAc > 1:612172/1‑91 (MQ=255) ccTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACtt < 2:2603156/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |