| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1963219 | 180 (0.940) | 14 (0.080) | 11/152 | NT | 7.5% | intergenic (‑82/+241) | ydeN/hemY | Putative hydrolase YdeN/Protoporphyrinogen oxidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1963263 | 176 (0.970) | intergenic (‑126/+197) | ydeN/hemY | Putative hydrolase YdeN/Protoporphyrinogen oxidase | |||||
TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1963126‑1963219‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acacTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAAA < USA300TCH1516_ALE/1963263‑1963174 TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAA > 1:1537529/1‑91TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAA < 2:106913/91‑1TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAA < 1:980836/91‑1TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAA > 1:742619/1‑91TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTACAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAA < 2:3368228/91‑1 CATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACA > 1:1514310/1‑91 CATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACA < 2:3349172/91‑1 CATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACA > 1:1514322/1‑91 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC > 2:858893/1‑91 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 2:1731857/91‑1 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 2:153641/91‑1 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 1:865405/91‑1 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC > 1:3323128/1‑91 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACAGATTAAAAACAAAAAAAAAATAAAAACAC < 2:3386518/91‑1 ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACCTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 1:975155/91‑1 CCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTCACT < 2:1896170/91‑1 TCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTC > 1:2523635/1‑91 CTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCT < 2:2455431/91‑1 TTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAGAACACCTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTA < 2:2985909/91‑1 CTATTTTTAAAATAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTGACTTTGCGATATAACATTTCTAATTA < 2:3220862/91‑1 TTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGT < 1:2838814/91‑1 AAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTT < 2:3681443/91‑1 AAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTT < 1:2005664/91‑1 ATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTT < 1:3664721/91‑1 ATGACTGAGTACCTATAATTGTAAATGAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATCTAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTT < 2:3369495/91‑1 TGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTT < 1:889169/91‑1 GACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTA < 1:3128082/91‑1 GACCGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTA < 1:3128081/91‑1 ATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATT < 1:3434627/91‑1 ACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAA > 2:2017719/1‑91 ACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAA > 2:1944867/1‑91 ACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAA > 2:2498903/1‑91 ACACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAA > 1:326721/1‑91 CACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAA > 2:2152908/1‑91 CACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAA > 2:2153023/1‑91 CACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAA > 2:1792670/1‑91 CACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAA < 1:3133942/91‑1 ACTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAA < 2:521192/91‑1 CTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAAA < 1:615068/91‑1 CTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAAA < 1:614887/91‑1 CTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAAA > 1:1026637/1‑91 CTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAAA > 2:740311/1‑91 TACATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1963126‑1963219‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acacTTTAATTAGAAATGTCACTTTGCGATATAACATTTCTAATTAAGGTGTTTTTATTTTACAATTATAGGTAATCAGTCATTTTTTTAAAAA < USA300TCH1516_ALE/1963263‑1963174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |