| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1963219 | 180 (0.940) | 14 (0.080) | 11/152 | NT | 7.5% | intergenic (‑82/+241) | ydeN/hemY | Putative hydrolase YdeN/Protoporphyrinogen oxidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1963263 | 176 (0.970) | intergenic (‑126/+197) | ydeN/hemY | Putative hydrolase YdeN/Protoporphyrinogen oxidase | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
ATCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAGTGTATTGTCATCATTTCAATATCATTCAAAAACAGCTAAACCTTT > USA300TCH1516_ALE/1963129‑1963309 | aTCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 2:153641‑M1/91‑1 (MQ=255)aTCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 2:1731857‑M1/91‑1 (MQ=255)aTCTGTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACCTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACAC < 1:975155‑M1/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTa < 1:3842519/91‑1 (MQ=255) tCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTaa > 1:2824697/1‑91 (MQ=255) tCATCTCATTCTCTCCTTTCAACTTACTACTTCTTTTCTATGTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTaa < 2:1259396/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |