New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1963219 | 180 (0.940) | 14 (0.080) | 11/152 | NT | 7.5% | intergenic (‑82/+241) | ydeN/hemY | Putative hydrolase YdeN/Protoporphyrinogen oxidase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1963263 | 176 (0.970) | intergenic (‑126/+197) | ydeN/hemY | Putative hydrolase YdeN/Protoporphyrinogen oxidase |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATTTTTAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAGTGTATTGTCATCATTTCAATATCATTCAAAAACAGCTAAACCTTTGTCTCTGCTTCAATTTCACAAAAATAATTCCCGCTGAAAGTATC > USA300TCH1516_ALE/1963173‑1963353 | tttttAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAg > 1:1026637‑M2/1‑90 (MQ=255) tttttAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAg < 1:615068‑M2/91‑2 (MQ=255) tttttAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAg > 2:740311‑M2/1‑90 (MQ=255) ttttAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAgt < 2:521192‑M2/91‑3 (MQ=255) tttAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAgtg > 2:2153023‑M2/1‑88 (MQ=255) tttAAAAAAATGACTGATTACCTATAATTGTAAAATAAAAACACCTTAATTAGAAATGTTATATCGCAAAGTGACATTTCTAATTAAAgtg < 1:3133942‑M2/91‑4 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |