| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990358 | 136 (0.710) | 22 (0.150) | 14/124 | NT | 14.8% | intergenic (‑107/+44) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990373 | 149 (1.010) | intergenic (‑122/+29) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1990251‑1990358‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcttgaatatatgataCGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTAAA < USA300TCH1516_ALE/1990373‑1990285 ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA > 2:131467/1‑91ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA < 1:283596/91‑1ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA < 1:282423/91‑1ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA > 1:1910093/1‑91 TCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAA > 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ATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTT < 2:3804517/91‑1 ATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTT > 1:3217394/1‑91 ATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTT > 1:3217137/1‑91 ATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAACAAAAAGCTT > 1:3714365/1‑91 ATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTATAATAATAAAAAGCTT > 2:3712833/1‑91 TGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTG > 2:886905/1‑91 TGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTG < 1:1072855/91‑1 TGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTG > 1:2586349/1‑91 TGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTG > 1:163562/1‑91 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CATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATAT > 1:2166577/1‑91 TAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGA > 2:569751/1‑91 AAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGAT < 2:310295/91‑1 AAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGAT < 2:2245230/91‑1 TATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACA < 2:2360770/91‑1 TTTAATACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATA < 2:3572048/91‑1 TTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATAT < 2:1375201/91‑1 TTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATAT < 1:3539349/91‑1 TTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATAT < 1:3539350/91‑1 AACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCA < 1:152493/91‑1 CACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATA < 1:1782221/91‑1 CACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATA < 2:327992/91‑1 CACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATA < 2:3024885/91‑1 CAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCTCATAATTTTAATAGTAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATA < 1:3081533/91‑1 CAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAGTAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATA < 1:3081100/91‑1 AACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATAT < 1:645867/91‑1 AACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATAT < 2:2097457/91‑1 ACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATT < 1:1890475/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |