| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990358 | 136 (0.710) | 22 (0.150) | 14/124 | NT | 14.8% | intergenic (‑107/+44) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990373 | 149 (1.010) | intergenic (‑122/+29) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
AATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTT > USA300TCH1516_ALE/1990269‑1990448 | aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat > 2:2814124/1‑91 (MQ=255)aataatACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGatat < 2:2324927/91‑1 (MQ=255) taataCTGTGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATaa < 2:2541267/91‑1 (MQ=255) taataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATaa < 1:3771555/91‑1 (MQ=255) ataCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACt > 1:410170/1‑91 (MQ=255) taCTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACtt < 2:2772494/91‑1 (MQ=255) tATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtgt < 2:153407/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtgtg < 1:1410728/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTtgtg > 1:1801492/1‑91 (MQ=255) gTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTgtggt > 1:3259816/1‑91 (MQ=255) ttATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTgtggtg > 1:1998584/1‑91 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtat > 2:2272861‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtat > 2:2842286‑M2/1‑88 (MQ=255) aaCACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatca < 1:152493‑M1/91‑21 (MQ=255) 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attattCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcatatattcaa < 1:270860‑M1/91‑30 (MQ=255) attCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATAcgcaccacaaagttatatcatatattcaagct < 1:1614618‑M1/91‑33 (MQ=255) attCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagct > 1:1443993‑M2/1‑74 (MQ=255) tCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTc < 1:118402/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:3156028/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:281323/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt < 2:2203070/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3788547/1‑91 (MQ=255) 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acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActc > 1:683992/1‑91 (MQ=255) caTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActct < 2:3546138/91‑1 (MQ=255) tAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTg < 2:3427490/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGc > 2:871069/1‑91 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 1:1777652/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATCACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 2:1058174/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 2:1365625/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 2:2738832/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |