| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990358 | 136 (0.710) | 22 (0.150) | 14/124 | NT | 14.8% | intergenic (‑107/+44) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990373 | 149 (1.010) | intergenic (‑122/+29) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTC > USA300TCH1516_ALE/1990285‑1990461 | tttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGta > 2:2565294‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtat > 2:2272861‑M2/1‑88 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatata < 2:1966912‑M2/91‑10 (MQ=255) aaCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatat > 1:988578‑M2/1‑81 (MQ=255) cATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattca < 2:70035‑M2/91‑14 (MQ=255) attattCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaa > 2:864393‑M2/1‑77 (MQ=255) attattCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaa < 2:1443993‑M2/91‑15 (MQ=255) ttattCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaag < 1:2787107‑M2/91‑16 (MQ=255) attCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagct > 2:2752878‑M2/1‑74 (MQ=255) tCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTc < 1:118402/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 2:349275/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:3156028/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt < 2:2203070/91‑1 (MQ=255) ttGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAg < 1:2759548/91‑1 (MQ=255) 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tcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGCATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtat < 1:2613619/91‑1 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata < 2:164443/91‑1 (MQ=255) atttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataa < 1:1327527/91‑1 (MQ=255) atttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataa < 1:2006947/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat > 1:351706/1‑91 (MQ=255) ttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataata > 2:846156/1‑91 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAGTAc < 2:2551826/91‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 2:740207/91‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 2:1204232/91‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 2:3454224/91‑1 (MQ=255) cacaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAct > 2:1729957/1‑91 (MQ=255) cacaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAct < 2:2620047/91‑1 (MQ=255) cacaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAct > 1:559497/1‑91 (MQ=255) acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATTTGATATAACTATGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGCTAGGTTGTTATAATActc > 2:1103430/1‑91 (MQ=255) acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActc > 1:683992/1‑91 (MQ=255) acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActc > 2:2728885/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |