| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2031959 | 156 (0.820) | 22 (0.130) | 12/146 | NT | 12.8% | intergenic (+425/+65) | USA300HOU_RS10250/USA300HOU_RS10255 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2031978 | 157 (0.900) | intergenic (+444/+46) | USA300HOU_RS10250/USA300HOU_RS10255 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TAGAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2031863‑2031959‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agccacaTCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAAAAG < USA300TCH1516_ALE/2031978‑2031889 TAGAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTGCAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATA < 2:3553673/91‑1TAGAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATA < 2:1665807/91‑1TAGAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATA < 2:1665918/91‑1TAGAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATA < 2:1834430/91‑1 GAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGC > 2:2496682/1‑91 GAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGC < 2:1081445/91‑1 GAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGC > 1:1622869/1‑91 ACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCA > 1:342684/1‑91 ACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCA > 1:2736550/1‑91 ACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCA > 1:2210602/1‑91 CATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCAC > 1:2800011/1‑91 CATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCAC < 1:3298138/91‑1 CATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCAC < 2:694082/91‑1 CATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCAC < 2:2882340/91‑1 CATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCAC < 1:2089767/91‑1 ATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACA < 2:1936321/91‑1 ATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACA < 1:596923/91‑1 CGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTA < 1:891515/91‑1 CGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTA < 1:62322/91‑1 GCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAG < 2:2371288/91‑1 CCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGG < 2:1502310/91‑1 CCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGG < 2:1502364/91‑1 TCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCG < 1:2496682/91‑1 TCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCG < 2:3670775/91‑1 TCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCG < 1:1089660/91‑1 CTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATACAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGT > 1:2117297/1‑91 TTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGT < 1:1816362/91‑1 TTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTG < 1:3663688/91‑1 TTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTG < 2:220145/91‑1 TATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGC < 1:127023/91‑1 TATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGC < 2:560927/91‑1 TATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGC < 1:3472192/91‑1 TATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGC < 2:1158831/91‑1 TATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGC < 1:2798687/91‑1 ATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACTAGCATGAATATTCAGTCTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCT < 1:1071519/91‑1 TCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTA < 1:1576213/91‑1 TCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATACAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTA < 2:2117297/91‑1 CGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTAT < 1:1279200/91‑1 AAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATT < 1:3589540/91‑1 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTACTTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:1061565/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:1061709/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:3882919/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:3882882/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 1:3676000/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:1180131/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:1061698/1‑91 AGCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGAT > 2:1061697/1‑91 GCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACaaaa < 2:2511929/91‑5 GCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATA > 2:2407387/1‑91 GCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATA < 1:3165886/91‑1 GCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATA > 1:1844167/1‑91 GCCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATA > 2:3072814/1‑91 CCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAA < 1:3829333/91‑1 CCACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAA > 2:2983854/1‑91 CACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAA < 1:1060998/91‑1 CACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAA < 2:1526624/91‑1 CACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAA > 1:3657958/1‑91 CACATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAA > 1:586801/1‑91 CATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAAAA < 2:1885273/91‑1 ATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAAAAG < 1:2154677/91‑1 ATCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAAAAG < 2:1089040/91‑1 TAGAACATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2031863‑2031959‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agccacaTCCCTCCGTAGTTTAGGCGTGTGGCTATATTTGAGTCTGAATATTTATGCTTGTAATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAAAAG < USA300TCH1516_ALE/2031978‑2031889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |