New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2031959 | 156 (0.820) | 22 (0.130) | 12/146 | NT | 12.8% | intergenic (+425/+65) | USA300HOU_RS10250/USA300HOU_RS10255 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2031978 | 157 (0.900) | intergenic (+444/+46) | USA300HOU_RS10250/USA300HOU_RS10255 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAA > USA300TCH1516_ALE/2031869‑2032049 | aTTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACA < 1:596923‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCacac > 1:1091007/1‑91 (MQ=255) gATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGc > 2:1293474/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGcc > 1:1760253/1‑91 (MQ=255) tttATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCt < 2:384436/91‑1 (MQ=255) tATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTaa < 1:536462/91‑1 (MQ=255) ccccGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTAc > 1:112926/1‑91 (MQ=255) ccccGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTAc > 1:710518/1‑91 (MQ=255) cccGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACg > 1:2176093/1‑91 (MQ=255) cccGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACg < 2:3456111/91‑1 (MQ=255) gCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACAtccctccgtagtttag < 2:2371288‑M1/91‑17 (MQ=255) gCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAg < 2:3211787/91‑1 (MQ=255) ccTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACAtccctccgtagtttagg < 2:1502310‑M1/91‑18 (MQ=255) ccTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAgg > 1:1544229/1‑91 (MQ=255) ctctTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAggg < 2:1884678/91‑1 (MQ=255) tctTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGa < 2:2800134/91‑1 (MQ=255) cTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAt < 2:1089040‑M2/91‑2 (MQ=255) tttATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtg < 1:3663688‑M1/91‑24 (MQ=255) tttATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtg < 2:220145‑M1/91‑24 (MQ=255) ttATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtgg < 1:3829333‑M2/91‑6 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggc < 2:1158831‑M1/91‑26 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggc < 1:127023‑M1/91‑26 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggc > 2:3072814‑M2/1‑85 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggc > 2:2407387‑M2/1‑85 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:3882882‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 1:3676000‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:1180131‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAAGTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:1061565‑M2/1‑84 (MQ=255) tCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATACAGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggcta < 2:2117297‑M1/91‑28 (MQ=255) cGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGt > 1:2031327/1‑91 (MQ=255) cGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGt < 2:1241441/91‑1 (MQ=255) gTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTc < 1:2202488/91‑1 (MQ=255) atataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtt < 2:1563859/91‑1 (MQ=255) tataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCttt < 2:3571722/91‑1 (MQ=255) ataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttt > 2:1356645/1‑91 (MQ=255) taGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCttttt > 2:2971550/1‑91 (MQ=255) aGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttttt > 1:2357568/1‑91 (MQ=255) gCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTg < 1:3354477/91‑1 (MQ=255) gCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTg < 2:112926/91‑1 (MQ=255) cATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCGTAAATAGTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGa < 1:3303669/91‑1 (MQ=255) cATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGa < 1:2557714/91‑1 (MQ=255) cATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGa < 2:3035956/91‑1 (MQ=255) tGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGAtt > 1:3860905/1‑91 (MQ=255) tGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGAtt > 1:700723/1‑91 (MQ=255) gTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTg > 1:310491/1‑91 (MQ=255) tCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGt < 1:3721307/91‑1 (MQ=255) tAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACat < 2:3125247/91‑1 (MQ=255) aaaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACatat < 2:3382407/91‑1 (MQ=255) aaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgctt < 1:3589540‑M2/91‑34 (MQ=255) aaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATc > 2:380234/1‑91 (MQ=255) aaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATc > 1:1005559/1‑91 (MQ=255) aaTCACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATc > 1:2469496/1‑91 (MQ=255) aTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCa > 2:2121926/1‑91 (MQ=255) aTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCa < 2:339844/91‑1 (MQ=255) ttACAAGCATAAATATTCAGACTCGAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAg < 2:3619367/91‑1 (MQ=255) aaGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGAttt < 2:1383583/91‑1 (MQ=255) aGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTa > 2:974093/1‑91 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa > 2:630302/1‑91 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa > 1:2120719/1‑91 (MQ=255) cATAAATATTCAGACTCAAATATAGCGACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaaa > 2:2210024/1‑91 (MQ=255) cATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaaa > 2:270682/1‑91 (MQ=255) aTAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCATATTTAAAt < 2:2522665/91‑1 (MQ=255) aTAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAAt < 1:1835616/91‑1 (MQ=255) aaTATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCAt > 2:1639643/1‑91 (MQ=255) atatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCAtt > 1:2140942/1‑91 (MQ=255) atatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCAtt > 2:1945428/1‑91 (MQ=255) tatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTa < 1:3133433/91‑1 (MQ=255) tatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTa < 2:535036/91‑1 (MQ=255) tCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATg < 1:1885273/91‑1 (MQ=255) cAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGt > 2:2964285/1‑91 (MQ=255) gACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTaa > 2:813225/1‑91 (MQ=255) aCTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTaaa < 1:1578640/91‑1 (MQ=255) aCTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTaaa > 2:1929542/1‑91 (MQ=255) cTCAACTATAGCCACCCGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGAGTTAAATCATTAATGTAAag < 1:801165/91‑1 (MQ=255) cTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAag > 1:841049/1‑91 (MQ=255) cTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAag < 2:59039/91‑1 (MQ=255) aaaTATAGCCACGCGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAgg < 2:3224504/91‑1 (MQ=255) aaaTATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAgg > 2:3329946/1‑91 (MQ=255) aaaTATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAgg < 2:1392042/91‑1 (MQ=255) aaTATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGc < 2:2632951/91‑1 (MQ=255) aaTATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGc > 2:433693/1‑91 (MQ=255) ataGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacg < 1:1279200‑M2/91‑64 (MQ=255) ataGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTaa > 2:941939/1‑91 (MQ=255) aGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgat > 2:1061709‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgat > 2:1061698‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagactgaatattcatgctagtaattttaaaaagggacatgctatatacgat < 1:1071519‑M2/91‑66 (MQ=255) gCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgata < 1:3165886‑M1/91‑86 (MQ=255) gCCACAtccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacaaaa < 2:2511929‑M1/91‑86 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgata < 1:2798687‑M2/91‑67 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgata < 1:3472192‑M2/91‑67 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTc > 1:3538477/1‑91 (MQ=255) cacatccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaa < 1:1060998‑M1/91‑88 (MQ=255) cacatccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaa < 2:1526624‑M1/91‑88 (MQ=255) cacatccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaa > 1:586801‑M1/1‑4 (MQ=255) cacatccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaa > 1:3657958‑M1/1‑4 (MQ=255) acacGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCAtt > 1:2510261/1‑91 (MQ=255) acacGCCTAAACGACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCAtt > 1:2967142/1‑91 (MQ=255) cacGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATta < 1:984974/91‑1 (MQ=255) cacGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATta > 1:2623811/1‑91 (MQ=255) atccctccgtagtttaggcgtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaaaag < 1:2154677‑M1/91‑91 (MQ=255) | ATTGATTTATGTCCCCGCCTCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAA > USA300TCH1516_ALE/2031869‑2032049 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |