| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2031959 | 156 (0.820) | 22 (0.130) | 12/146 | NT | 12.8% | intergenic (+425/+65) | USA300HOU_RS10250/USA300HOU_RS10255 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2031978 | 157 (0.900) | intergenic (+444/+46) | USA300HOU_RS10250/USA300HOU_RS10255 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAATCTGA > USA300TCH1516_ALE/2031888‑2032068 | tttttATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtg < 2:1885273‑M2/91‑3 (MQ=255) tttATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtg > 1:586801‑M2/1‑87 (MQ=255) ttATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtgg < 1:3829333‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttgtataTAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggc < 2:2511929‑M2/87‑7 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggc > 2:2407387‑M2/1‑85 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggc > 1:1844167‑M2/1‑85 (MQ=255) tATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggc > 2:3072814‑M2/1‑85 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:1061697‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:1061709‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:1180131‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 1:3676000‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggct > 2:3882882‑M2/1‑84 (MQ=255) tCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTg > 1:3628371/1‑91 (MQ=255) cGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGt < 2:1241441/91‑1 (MQ=255) tatataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCt < 2:743053/91‑1 (MQ=255) atataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtt < 1:2147388/91‑1 (MQ=255) atataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtt < 2:1563859/91‑1 (MQ=255) tataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTATGGAGGGATGTGGCTGTCttt < 2:484317/91‑1 (MQ=255) tataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCttt < 2:3569455/91‑1 (MQ=255) ataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttt > 2:1356645/1‑91 (MQ=255) ataGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttt > 1:309764/1‑91 (MQ=255) taGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCttttt > 2:2971550/1‑91 (MQ=255) aGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttttt > 1:2357568/1‑91 (MQ=255) aGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttttt < 2:1515044/91‑1 (MQ=255) aGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCtttttt > 2:279505/1‑91 (MQ=255) gCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTg < 1:3354477/91‑1 (MQ=255) cATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGa < 1:2557714/91‑1 (MQ=255) gTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTg < 2:1369451/91‑1 (MQ=255) tCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGt > 2:3118584/1‑91 (MQ=255) tCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGt > 2:1460068/1‑91 (MQ=255) tCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGt < 1:3721307/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTa > 2:2918124/1‑91 (MQ=255) tAAAATTACAAGCATAAATATTCAGAGTCAAATATAGCCACACACCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACat > 2:2211464/1‑91 (MQ=255) aaaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACatat < 2:3382407/91‑1 (MQ=255) aaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATc > 1:1005559/1‑91 (MQ=255) aaTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATc > 2:380382/1‑91 (MQ=255) aaTCACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATc > 1:2469496/1‑91 (MQ=255) aTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCa < 2:2675091/91‑1 (MQ=255) aTTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCa > 2:2121926/1‑91 (MQ=255) tACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGATGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGa < 1:760621/91‑1 (MQ=255) cAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGAtt > 2:3596735/1‑91 (MQ=255) cAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGAtt > 1:2194446/1‑91 (MQ=255) aaGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGAttt > 1:261056/1‑91 (MQ=255) aGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTa > 2:974093/1‑91 (MQ=255) aGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTa < 1:2208852/91‑1 (MQ=255) aGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTa > 1:318609/1‑91 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa < 2:907045/91‑1 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa > 1:805607/1‑91 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa > 1:2120719/1‑91 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa < 1:664356/91‑1 (MQ=255) gCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTaa > 2:630302/1‑91 (MQ=255) aTAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCATATTTAAAt < 2:2522665/91‑1 (MQ=255) aaTATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCAt > 2:1639643/1‑91 (MQ=255) atatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCAtt > 2:1945428/1‑91 (MQ=255) atatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCAtt > 1:2140942/1‑91 (MQ=255) tatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTa < 2:3213688/91‑1 (MQ=255) tatTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTa < 1:3132897/91‑1 (MQ=255) cAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGt > 1:56206/1‑91 (MQ=255) cAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGt > 2:1111384/1‑91 (MQ=255) aCTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTaaa < 1:1578640/91‑1 (MQ=255) aCTCAAATATAGCCACACGACTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTaaa > 2:3393274/1‑91 (MQ=255) cTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAag < 1:800965/91‑1 (MQ=255) 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aGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAAtt < 2:3624415/91‑1 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgata < 1:2798687‑M2/91‑67 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgata < 2:560927‑M2/91‑67 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTc < 1:2956309/91‑1 (MQ=255) gCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTc > 1:3538477/1‑91 (MQ=255) cactCGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCAt < 1:3134645/91‑1 (MQ=255) cacaCGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaa < 2:220145‑M2/91‑69 (MQ=255) cacaCGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGAttt > 1:2388387/1‑62 (MQ=255) cacaCGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCAt > 1:842256/1‑91 (MQ=255) acacGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaaa < 1:1816362‑M2/91‑70 (MQ=255) acacGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCAtt < 2:2176093/91‑1 (MQ=255) acacGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCAtt > 1:2510261/1‑91 (MQ=255) acGCCTAAACTACGGAGGGAtgtggctgtatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaaaag > 1:2117297‑M2/1‑20 (MQ=255) cGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATtaat > 1:1155227/1‑91 (MQ=255) ccTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaaaagagg < 2:1502310‑M2/91‑75 (MQ=255) cTAAACTACGGAGGGAtgtggctatatttgagtctgaatatttatgcttgtaattttaaaaagggacatgctatatacgataaaaagaggc < 2:2371288‑M2/91‑76 (MQ=255) 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gAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTaaaa > 2:2314899/1‑91 (MQ=255) aGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAAt < 1:3693503/91‑1 (MQ=255) aGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAAt < 1:423689/91‑1 (MQ=255) aGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAAt < 2:1060998/91‑1 (MQ=255) aTGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAATCTGa > 1:1877613/1‑91 (MQ=255) aTGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAATCTGa < 2:3030964/91‑1 (MQ=255) | TCTTTTTATCGTATATAGCATGTCCCTTTTTAAAATTACAAGCATAAATATTCAGACTCAAATATAGCCACACGCCTAAACTACGGAGGGATGTGGCTGTCTTTTTTGATTGTAATTACATATCAGATTTAAATCATTAATGTAAAGAGGCTAATTCATTAATAAATTTAGTAAAATCTGA > USA300TCH1516_ALE/2031888‑2032068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |