| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 165 (0.870) | 22 (0.130) | 12/138 | NT | 12.4% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 170 (1.040) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
CAAGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082468‑2082368‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTAT > USA300TCH1516_ALE/2082406‑2082495 CAAGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAG < 1:771621/91‑1 AAGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA > 2:3868384/1‑91 AAGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA > 1:2335242/1‑91 AAGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA > 2:2571653/1‑91 AAGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA > 2:2571089/1‑91 AGTTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGAT < 2:2559293/91‑1 AGTTGCTCAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAAAAATAATAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGAT < 2:2413450/91‑1 TTGCTGCATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTA > 2:2889049/1‑91 TTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTA > 2:987841/1‑91 TTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTA > 1:3730595/1‑91 TTGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTA < 1:952940/91‑1 TGCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTAT > 1:1228889/1‑91 GCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATT < 2:192822/91‑1 GCTGAATAAAATATATCTTATGATACTTTGAAAGAAGGAATAATTTTAAAAATAAAAAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATT > 2:1822316/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |