| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 165 (0.870) | 22 (0.130) | 12/138 | NT | 12.4% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 170 (1.040) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATT > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082458 | tATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATGTCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTAATGACTTAAGACAATTAATTTCA > 2:2965249‑M1/1‑91 (MQ=255)tATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCA < 2:878254‑M1/91‑1 (MQ=255)ataaaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaa < 1:906077‑M1/1‑1 (MQ=255)ataaaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaa < 1:2713732‑M1/1‑1 (MQ=255) aaaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAAc > 2:1447787‑M1/89‑91 (MQ=255) aaaactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAAc > 1:3857304‑M1/89‑91 (MQ=255) aactaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCa > 1:3533481‑M1/87‑91 (MQ=255) actaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaa < 1:1143853‑M1/6‑1 (MQ=255) actaattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaa > 1:2383594‑M1/86‑91 (MQ=255) gTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAAT > 2:364254‑M1/1‑91 (MQ=255) taattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaata > 1:3143074‑M1/84‑91 (MQ=255) taattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaata < 2:2466965‑M1/8‑1 (MQ=255) ttAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 1:2229441‑M1/1‑91 (MQ=255) aattaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCaataa > 1:848074‑M1/83‑91 (MQ=255) ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc > 1:246328‑M1/81‑91 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt > 1:1065666/1‑91 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt > 2:1328496/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGt < 1:1794519/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTa > 1:3041379/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATg > 2:357439/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATg > 2:609182/1‑91 (MQ=255) ttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAGTCTGATGAGTATGAc > 1:3313098‑M1/68‑91 (MQ=255) aagaagATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactca < 1:2026246‑M1/91‑14 (MQ=255) agaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACt > 2:1265710/1‑91 (MQ=255) agaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACt > 1:2574991/1‑91 (MQ=255) gaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTc > 2:3047442/1‑91 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCTATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatca < 1:3609205‑M1/91‑17 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 2:3723944/1‑91 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 1:1883150/1‑91 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 2:279329/1‑91 (MQ=255) agaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcag < 1:219594‑M1/91‑18 (MQ=255) aGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAGTTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGg > 2:2348498‑M2/1‑90 (MQ=255) aGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGg > 1:262389‑M2/1‑90 (MQ=255) gttatccCACATGTATTTGATTCAATTGCGAAATCGATGGATGACTTAAGATAATGAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcaga < 2:107115‑M1/89‑19 (MQ=255) gaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcaga < 2:3756529‑M1/91‑19 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagat < 1:2650554‑M1/91‑20 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgat < 2:3446696‑M2/91‑4 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgat < 1:1155895‑M2/91‑4 (MQ=255) gttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGatt > 1:3701344‑M1/61‑91 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgatta > 1:2315846‑M2/1‑86 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgatta < 2:1143853‑M2/91‑6 (MQ=255) cccACATTTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCATTAATCTGATGAGTATGACTCGgattatt > 1:1994623‑M2/1‑84 (MQ=255) cccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagattatt < 2:2248161‑M1/91‑24 (MQ=255) cccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattatt < 2:1745855‑M2/91‑8 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagattattg < 1:1207872‑M1/91‑25 (MQ=255) cacaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattgg < 2:1432848‑M2/91‑10 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagattattggt < 1:980218‑M1/91‑27 (MQ=255) aataaaatatatcttatgatacttttaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtt > 1:3616903‑M1/54‑91 (MQ=255) aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCACCCAATAATCTGATGAGTATGAATCGGATTATTGGttt < 2:2104632/91‑1 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttt > 1:1762429‑M1/52‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGAT‑ATTGGttttt > 2:2839227‑M1/52‑91 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagattattggttgaa < 2:833249‑M1/91‑31 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt < 1:641501/91‑1 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt < 2:1968057/91‑1 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt < 2:1646700/91‑1 (MQ=255) aatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTttttta > 1:2963‑M1/49‑91 (MQ=255) tGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt > 2:677552/1‑91 (MQ=255) tatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 1:673590‑M1/45‑91 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaat < 2:2133876‑M1/91‑37 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 1:1989770/1‑91 (MQ=255) atcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt > 2:940428‑M1/44‑91 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa < 2:204708/91‑1 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTATAatt > 2:1706350/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:420880/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:2109373/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat > 2:1389615/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:1320961/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt < 1:2513250/91‑1 (MQ=255) cTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt > 2:2161141/1‑91 (MQ=255) ctttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTcc > 1:3205091‑M1/33‑91 (MQ=255) 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attTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtt > 1:3795076/1‑91 (MQ=255) attTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtt > 2:2532627/1‑91 (MQ=255) tttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAttt > 2:2712004/1‑91 (MQ=255) tCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTa < 2:755809/91‑1 (MQ=255) cAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAt > 1:1445787/1‑91 (MQ=255) aaCCAATAATCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatg < 2:1454431‑M1/91‑81 (MQ=255) | TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATT > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |