New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 165 (0.870) | 22 (0.130) | 12/138 | NT | 12.4% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 170 (1.040) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
ATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATA > USA300TCH1516_ALE/2082316‑2082496 | aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCACCCAATAATCTGATGAGTATGAATCGGATTATTGGttt < 2:2104632/91‑1 (MQ=255) aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 2:3744130/1‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttt > 1:1762429‑M1/52‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGAT‑ATTGGttttt > 2:2839227‑M1/52‑91 (MQ=255) aaaatgtatcttatgatactttgaatgaaggaataatttgaaaaataaaaAACGAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt > 1:3610369‑M1/51‑91 (MQ=255) tATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttttt < 1:1849986/91‑1 (MQ=255) ttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAGTCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt > 2:3835223/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt > 2:3637651/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt > 2:677552/1‑91 (MQ=255) tatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 1:673590‑M1/45‑91 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 1:1989805/1‑91 (MQ=255) atcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt > 2:940428‑M1/44‑91 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa > 1:3216810/1‑91 (MQ=255) cAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaa < 2:3072139/91‑1 (MQ=255) atgttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaa < 2:1345378/88‑1 (MQ=255) aTTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAat > 2:2582156/1‑91 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTATAatt > 2:1706350/1‑91 (MQ=255) cTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt < 1:2513250/91‑1 (MQ=255) ctttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTcc > 2:3043146‑M1/33‑91 (MQ=255) aaGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct < 2:1099556/91‑1 (MQ=255) gCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc > 2:2909309/1‑91 (MQ=255) cGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGGGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttct < 1:3080171/91‑1 (MQ=255) gATTGATGACTTGAGATAATTGAGTTCAACCGATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttctt < 2:3880906/91‑1 (MQ=255) gATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttctt < 1:2798280/91‑1 (MQ=255) ttGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTc > 1:632579/1‑91 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa < 2:2143642/91‑1 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa > 2:2267490/1‑91 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa < 2:2033744/91‑1 (MQ=255) tgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAg > 2:1966490/1‑91 (MQ=255) gaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGt > 2:3259614/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTa < 1:3446696/91‑1 (MQ=255) cTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTAt > 2:1987443/1‑91 (MQ=255) cTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTAt > 1:704576/1‑91 (MQ=255) ttAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATc > 1:1359545/1‑91 (MQ=255) ttAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATc > 2:1226182/1‑91 (MQ=255) tAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCa > 1:2126628/1‑91 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt < 1:3339295/70‑1 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt > 2:3339295/1‑70 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATaa > 2:2516616/1‑91 (MQ=255) aTAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAg < 1:780166/91‑1 (MQ=255) aattaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat > 1:2146461/1‑91 (MQ=255) aaaaataaaaaaccaataatccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat > 2:943584‑M2/49‑91 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:1990190/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:2314722/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:3200847/1‑91 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 1:2712110/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:172260/1‑91 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGACTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:3260575/1‑91 (MQ=255) aaataataAACTATTAATTTGATTAGTATTACTTGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCTTTCTTTCAATGTATCATAAGatat > 2:214550‑M1/9‑91 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat > 1:2612437/1‑91 (MQ=255) taaaaaaccaataatccgagtcatactcatcagattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtt > 1:2963‑M2/44‑91 (MQ=255) attTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtt > 1:3795076/1‑91 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt < 1:1958259/91‑1 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt > 1:2336453/1‑91 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt < 1:2466943/91‑1 (MQ=255) 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TAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCaa < 1:952940‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCaa > 1:3730595‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACt < 2:2559293‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGt < 1:2651966/91‑1 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc < 1:609182/91‑1 (MQ=255) atgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCa < 1:1695817/91‑1 (MQ=255) atgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCa > 1:1525333/1‑91 (MQ=255) atgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGCATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCa > 2:1560135/1‑91 (MQ=255) 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tattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTa > 2:3018025‑M2/9‑91 (MQ=255) tattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTa < 2:2775684‑M2/83‑1 (MQ=255) ttggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTagc > 1:3637890‑M2/7‑90 (MQ=255) ttggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGt > 1:2383594‑M2/7‑91 (MQ=255) ttggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGt < 1:1149642‑M2/85‑1 (MQ=255) tggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGtt > 1:3533481‑M2/6‑91 (MQ=255) gttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGtttt > 1:3857304‑M2/4‑91 (MQ=255) tTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtat < 1:482633‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtat < 1:906077‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtat < 1:106830‑M2/90‑1 (MQ=255) ttttatttttaGAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTGATTCAGCAAGTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtata < 2:2957896/91‑1 (MQ=255) ttttatttttaAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtata < 2:3499681/91‑1 (MQ=255) ttttatttttaAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTtata < 2:568510/91‑1 (MQ=255) | ATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATA > USA300TCH1516_ALE/2082316‑2082496 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |