| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2082378 | 175 (0.920) | 21 (0.130) | 12/138 | NT | 11.6% | intergenic (+19/+305) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2082394 | 170 (1.040) | intergenic (+35/+289) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082378‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccaataatcCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATCT < USA300TCH1516_ALE/2082394‑2082305 TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATGTCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTAATGACTTAAGACAATTAATTTCA > 2:2965249/1‑91TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCA < 2:878254/91‑1TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCA > 2:1445393/1‑91 TTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAC < 2:1216928/91‑1 TTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAAC > 2:3303611/1‑91 TGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACC < 2:1905501/91‑1 GCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCA < 1:807337/91‑1 GCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCA < 1:805373/91‑1 GCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCA > 2:2335242/1‑91 CGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAA < 1:1336888/91‑1 CGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAA < 2:77978/91‑1 CGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAA > 1:2163211/1‑91 GTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAAT > 2:364254/1‑91 GTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAAT > 2:364255/1‑91 cTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 2:1334481/2‑91 TTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 2:1057938/1‑91 TTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 2:3110973/1‑91 TTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 1:3377047/1‑91 TTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 1:2229441/1‑91 TTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAA > 1:2228563/1‑91 TAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAAT > 2:2422606/1‑91 AGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATC > 1:2017415/1‑91 AGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATC < 1:1254321/91‑1 AAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCA < 1:2026246/91‑1 AAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCA < 1:2025296/91‑1 AAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCA < 1:2099033/91‑1 AAGATATCCCACATGTATTTGATTCTATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCA < 1:3609205/91‑1 AAGATATCCCACATGTATTTGATTCTATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCA < 1:3609301/91‑1 AGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAG < 1:219594/91‑1 gtTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCGAAATCGATGGATGACTTAAGATAATGAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA < 2:107115/89‑1 GATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA < 2:1876209/91‑1 GATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGA < 2:3756529/91‑1 ATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGAT < 1:2650554/91‑1 TCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAGTAATCCGAGTCATACTCATCAGATTAT < 1:397985/91‑1 TCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAAGTAGTTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTAT < 2:76034/91‑1 CCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATT < 2:2248161/91‑1 CCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTG < 1:1207872/91‑1 CCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTG < 1:1207887/91‑1 ACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGT < 1:980218/91‑1 CATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTT < 1:1199555/91‑1 GTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAA < 2:833249/91‑1 GATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAAT < 2:2136266/91‑1 GATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAAT < 2:2133876/91‑1 GATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAAT < 2:2133815/91‑1 AACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATG > 1:2455337/1‑91 AACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATG < 2:1454383/91‑1 AACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATG < 2:1454431/91‑1 ACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAGTTATCTTAGGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGT < 1:3091518/91‑1 ACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGT > 2:1990119/1‑91 ACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGT > 2:1990598/1‑91 ACCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTGTAGCAATTGAATCAAATACATGT < 1:2296145/91‑1 CCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTG < 2:1432092/91‑1 CCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTG < 2:1432848/91‑1 CCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTG < 2:1432658/91‑1 CCAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTG > 1:2791798/1‑91 CAATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGG < 1:1759421/91‑1 AATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGG < 2:1745855/91‑1 AATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGG > 1:2640808/1‑91 AATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGG < 2:3423685/91‑1 AATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTAATGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATAAATGTGGG > 1:1994623/1‑91 ATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGA > 1:642269/1‑91 ATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGA > 1:3670720/1‑91 ATAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGA < 2:1757298/91‑1 TAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGAT < 2:27674/91‑1 TAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGAT < 2:1143853/91‑1 TAATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGAT > 1:2315846/1‑91 AATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATA < 2:1695817/91‑1 ATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATAT < 1:1155895/91‑1 ATCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATAT < 2:3446696/91‑1 TCCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATC < 2:599222/91‑1 CCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATCT < 1:798032/91‑1 CCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATCT > 2:2348510/1‑91 CCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATCT > 1:262389/1‑91 CCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAACTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATCT > 2:2348498/1‑91 TATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2082278‑2082378‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccaataatcCGAGTCATACTCATCAGATTATTGGTTGAAATTAATTATCTTAAGTCATCAATCGCTTTAGCAATTGAATCAAATACATGTGGGATATCT < USA300TCH1516_ALE/2082394‑2082305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |