| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2082378 | 175 (0.920) | 21 (0.130) | 12/138 | NT | 11.6% | intergenic (+19/+305) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2082394 | 170 (1.040) | intergenic (+35/+289) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
AAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTA > USA300TCH1516_ALE/2082304‑2082484 | aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg < 1:3202244/91‑1 (MQ=255)aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 2:496257/1‑91 (MQ=255)aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCg > 2:279329/1‑91 (MQ=255) caagttgctgaataaaatatatcttatgttactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCgg > 2:962748‑M1/64‑91 (MQ=255) aGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAGTTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGg > 2:2348498‑M2/1‑90 (MQ=255) aGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGg < 1:798032‑M2/91‑2 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgatta < 2:1143853‑M2/91‑6 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgatta > 1:2315846‑M2/1‑86 (MQ=255) tCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattat > 1:642269‑M2/1‑85 (MQ=255) cccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattatt < 2:3423685‑M2/91‑8 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattg < 1:1759421‑M2/91‑9 (MQ=255) cacaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattgg > 1:2791798‑M2/1‑82 (MQ=255) cacaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattgg < 2:1432848‑M2/91‑10 (MQ=255) gaataaaatatatcatatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGt > 2:1302539‑M1/55‑91 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTACAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggt < 1:2296145‑M2/91‑11 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggt > 2:1990598‑M2/1‑81 (MQ=255) caTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggtt > 1:2455337‑M2/1‑80 (MQ=255) caTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggtt < 2:1454431‑M2/91‑12 (MQ=255) aataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtt > 1:2640105‑M1/54‑91 (MQ=255) aTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 2:3744130/1‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtttt > 1:1763071‑M1/52‑91 (MQ=255) taaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGAT‑ATTGGttttt > 2:2839227‑M1/52‑91 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt < 2:1646700/91‑1 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt < 2:36257/91‑1 (MQ=255) aaaatgtatcttatgatactttgaatgaaggaataatttgaaaaataaaaAACGAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt > 1:3610369‑M1/51‑91 (MQ=255) ttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAGTCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt > 2:3835223/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt > 1:3026943/1‑91 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt > 1:1989805/1‑91 (MQ=255) atcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt > 2:940427‑M1/44‑91 (MQ=255) aTTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt < 1:3225450/91‑1 (MQ=255) ttCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttta < 1:1590781/91‑1 (MQ=255) cAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaa < 2:3072139/91‑1 (MQ=255) cAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaa < 2:3334858/91‑1 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTATAatt > 2:1706350/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta < 1:1869725/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta > 2:1786019/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat > 2:1389615/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:420880/91‑1 (MQ=255) aaaGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTcc < 1:2404348/91‑1 (MQ=255) aGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCctt > 1:3822175/1‑91 (MQ=255) gCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc > 2:2909042/1‑91 (MQ=255) cGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttct < 2:2997883/91‑1 (MQ=255) gATTGATGACTTGAGATAATTGAGTTCAACCGATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttctt < 2:3880906/91‑1 (MQ=255) aTTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCttt > 1:1133986/1‑91 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa > 1:2802610/1‑91 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa > 2:1980050/1‑91 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa < 2:2033744/91‑1 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa > 1:2173622/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTa > 1:3699239/1‑91 (MQ=255) ttAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATc > 1:1359545/1‑91 (MQ=255) tAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCa > 1:2126628/1‑91 (MQ=255) aTAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTAGGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTATCAAAGTATCATAAg < 1:3303611/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatc < 2:2133815‑M2/91‑56 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:1989805/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 1:1707086/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:3757968/1‑91 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 2:228674/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 2:78180/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 1:2019154/91‑1 (MQ=255) aaataataAACTATTAATTTGATTAGTATTACTTGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCTTTCTTTCAATGTATCATAAGatat > 2:214550‑M1/9‑91 (MQ=255) taattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatata < 2:64983/91‑1 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat > 1:2612437/1‑91 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat < 2:3041379/91‑1 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat < 1:622919/91‑1 (MQ=255) attTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtt > 2:2532627/1‑91 (MQ=255) tttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAttt > 2:2712004/1‑91 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt < 1:1958259/91‑1 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt > 1:2336453/1‑91 (MQ=255) tCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTa < 2:755544/91‑1 (MQ=255) cAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAt > 1:1445787/1‑91 (MQ=255) aaCCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatg < 1:1199555‑M2/91‑65 (MQ=255) AACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAtt > 1:2712912‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAtt < 2:3545546‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAATAATCTGATGAGTATGACTCTGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCa > 2:3759155‑M1/1‑91 (MQ=255) CCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCa > 2:1891782‑M1/1‑91 (MQ=255) CCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCa > 2:1726807‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAg > 2:3649032‑M1/1‑91 (MQ=255) aataatCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtggg < 2:2248161‑M2/91‑69 (MQ=255) AATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGc < 2:192822‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCa > 1:1228889‑M1/1‑91 (MQ=255) TAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCaa < 1:952940‑M1/91‑1 (MQ=255) tCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattcattatcttaagtcatccatcgatttcgcaattgaatcaaatacatgtgggataac < 2:107115‑M2/91‑74 (MQ=255) TCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACtt > 2:2571089‑M1/1‑91 (MQ=255) tgatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGt < 1:2651966/91‑1 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc < 1:3585992/91‑1 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc < 1:3423685/91‑1 (MQ=255) gatgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTc > 1:2908454/1‑91 (MQ=255) tgaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCaa < 1:735167/91‑1 (MQ=255) gaGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCaaa > 2:2076348/1‑91 (MQ=255) aGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAac < 2:2377324/91‑1 (MQ=255) gTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATTTATTTTATTTTTCAACTTTTCAAaca > 2:2140396/1‑91 (MQ=255) aTGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACt > 1:851816/1‑91 (MQ=255) tGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCaaa > 1:2076299/1‑86 (MQ=255) tGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACta > 1:2196855/1‑91 (MQ=255) aCTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACtata > 1:2557382/1‑91 (MQ=255) tCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATAcc > 1:2693514/1‑91 (MQ=255) tCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATAcc > 1:2508079/1‑91 (MQ=255) tCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATAcc > 1:1304718/1‑91 (MQ=255) cGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCt < 1:3141187/91‑1 (MQ=255) cGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCt < 1:688053/91‑1 (MQ=255) | AAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTA > USA300TCH1516_ALE/2082304‑2082484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |