| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2082378 | 175 (0.920) | 21 (0.130) | 12/138 | NT | 11.6% | intergenic (+19/+305) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2082394 | 170 (1.040) | intergenic (+35/+289) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
AGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTG > USA300TCH1516_ALE/2082288‑2082468 | ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc > 1:246662‑M1/81‑91 (MQ=255)ttaggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATc < 2:3812917‑M1/11‑1 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt < 1:2785174/91‑1 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt > 1:1065666/1‑91 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCt < 1:680552/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGt < 2:2081098/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGt < 1:1794519/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTa < 1:3594458/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGa > 2:906077/1‑91 (MQ=255) aagaagATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactca < 1:2099033‑M1/91‑14 (MQ=255) gaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTc > 2:3047442/1‑91 (MQ=255) gATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGga < 2:599222‑M2/91‑3 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagat < 1:2650554‑M1/91‑20 (MQ=255) atatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgat < 1:1155895‑M2/91‑4 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgatta > 1:2315846‑M2/1‑86 (MQ=255) tCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattat > 1:642269‑M2/1‑85 (MQ=255) tCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattat > 1:3670720‑M2/1‑85 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCcgagtcatactcatcagattattg < 1:1207872‑M1/91‑25 (MQ=255) ccACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattg < 1:1759421‑M2/91‑9 (MQ=255) gaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataatttaaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGt > 2:1468444‑M1/55‑91 (MQ=255) gaataaaatatatcatatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGt > 2:1302539‑M1/55‑91 (MQ=255) acaTGTATTTGATTCAATTGCTACAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggt < 1:2296145‑M2/91‑11 (MQ=255) caTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggtt < 2:1454383‑M2/91‑12 (MQ=255) aataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGtt > 1:2640105‑M1/54‑91 (MQ=255) gTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt < 2:2815377/91‑1 (MQ=255) aaaatgtatcttatgatactttgaatgaaggaataatttgaaaaataaaaAACGAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttttt > 1:3610369‑M1/51‑91 (MQ=255) aTTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTttttta > 2:3635026/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAGTCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatt > 2:3835223/1‑91 (MQ=255) gATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGACAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttatttt < 1:3175912/91‑1 (MQ=255) atcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt > 2:943584‑M1/44‑91 (MQ=255) ttCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttta < 1:1590781/91‑1 (MQ=255) tCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa > 1:3216810/1‑91 (MQ=255) atgttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaaa < 2:1345366/88‑1 (MQ=255) ttGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatt > 2:1707086/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta < 1:1869725/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAatta > 2:1786019/1‑91 (MQ=255) gCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:1320961/91‑1 (MQ=255) tAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTc < 1:1975939/91‑1 (MQ=255) tAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTc > 1:2197245/1‑91 (MQ=255) aaGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct < 1:983200/91‑1 (MQ=255) aGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCctt > 1:3822175/1‑91 (MQ=255) gCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc < 2:3075740/91‑1 (MQ=255) gCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc > 2:2909309/1‑91 (MQ=255) cGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGGGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttct < 1:3080171/91‑1 (MQ=255) cGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttct < 2:3750434/91‑1 (MQ=255) gATTGATGACTTGAGATAATTGAGTTCAACCGATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttctt < 2:3880906/91‑1 (MQ=255) ttGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTc > 1:124723/1‑91 (MQ=255) ttGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTc > 1:632579/1‑91 (MQ=255) tgatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCa < 1:952713/91‑1 (MQ=255) gatgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaa > 2:1980050/1‑91 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa < 2:2033744/91‑1 (MQ=255) atgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCaaa > 1:2173622/1‑91 (MQ=255) tgaCTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAg > 2:1897890/1‑91 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattatt < 1:3339295/70‑1 (MQ=255) gATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATaa > 1:1384075/1‑91 (MQ=255) aTAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAg < 2:2856097/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatc < 2:2136266‑M2/91‑56 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatc < 2:2133815‑M2/91‑56 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:3679238/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 1:2377944/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 1:1707822/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:1989805/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:1990190/91‑1 (MQ=255) attaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTACTTTCAAAGTATCATAAGata < 2:2314750/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 1:2019154/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 1:2712110/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat < 2:78180/91‑1 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:3757968/1‑91 (MQ=255) ttaattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGACTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatat > 1:3260575/1‑91 (MQ=255) aaataataAACTATTAATTTGATTAGTATTACTTGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCTTTCTTTCAATGTATCATAAGatat > 2:214550‑M1/9‑91 (MQ=255) taattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatata < 1:2798089/91‑1 (MQ=255) taattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatata < 2:64983/91‑1 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat > 1:2612761/1‑91 (MQ=255) aattTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGatatat < 2:3041379/91‑1 (MQ=255) tttCAACCTATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAttt < 2:2536714/91‑1 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt < 1:2570781/91‑1 (MQ=255) ttCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATAtttt > 1:2336453/1‑91 (MQ=255) tCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTa < 2:755544/91‑1 (MQ=255) cAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAt > 1:3023847/1‑91 (MQ=255) aaCCAATAATCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatg > 1:2455337‑M1/1‑11 (MQ=255) AACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTAtt < 2:3545546‑M1/91‑1 (MQ=255) ccAATAATCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtg < 2:1432092‑M1/91‑83 (MQ=255) ccAATAATCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtg < 2:1432848‑M1/91‑83 (MQ=255) CCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCa > 1:841162‑M1/1‑91 (MQ=255) cAATAATCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgg < 1:1207887‑M2/91‑68 (MQ=255) aataatCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtggg < 2:1745855‑M1/91‑85 (MQ=255) aataatCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtggg < 2:3423685‑M1/91‑85 (MQ=255) aataatCcgagtcatactcatcagattaatggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaataaatgtggg > 1:1994623‑M1/1‑7 (MQ=255) aataatCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtggg < 2:2248161‑M2/91‑69 (MQ=255) ataatCTGATGAGTATGACTCGgattactggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtggga < 1:397985‑M2/91‑70 (MQ=255) taatCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggat < 2:27674‑M1/91‑87 (MQ=255) taatCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggat < 2:1143853‑M1/91‑87 (MQ=255) aatCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggata < 2:1695817‑M1/91‑88 (MQ=255) atCcgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggatat < 2:3446696‑M1/91‑89 (MQ=255) ATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTATTATTTTTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTGAGCAACt < 2:2413450‑M1/91‑1 (MQ=255) tCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattcattatcttaagtcatccatcgatttcgcaattgaatcaaatacatgtgggataac < 2:107115‑M2/91‑74 (MQ=255) tCTGATGAGTATGACTCGgattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggatatc < 2:1876209‑M2/91‑74 (MQ=255) TCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACtt > 2:2571653‑M1/1‑91 (MQ=255) ccgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggatatct > 2:2348510‑M1/1‑1 (MQ=255) ccgagtcatactcatcagattattggttgaaattaattatcttaagtcatcaatcgctttagcaattgaatcaaatacatgtgggatatct < 1:798032‑M1/91‑91 (MQ=255) | AGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTG > USA300TCH1516_ALE/2082288‑2082468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |