| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2142773 = | 188 (0.990) | 15 (0.090) | 12/148 | NT | 8.6% | coding (152/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2142794 = | 146 (0.830) | coding (173/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein | |||||
GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2142868‑2142773‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG > USA300TCH1516_ALE/2142794‑2142883 GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGC < 2:3699719/91‑1GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGC < 2:3063729/91‑1GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGC > 1:3745538/1‑91 AATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCG < 1:2862954/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 2:2482439/91‑1 ATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGA < 1:3009361/91‑1 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT < 2:443159/91‑1 TGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGAT < 2:1159772/91‑1 GATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:1860144/1‑91 GATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:2252415/1‑91 GATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATACTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTAAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:3442521/1‑91 GATATATCTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATT > 1:613824/1‑91 ATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA < 2:2380874/91‑1 TTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAAT < 1:2356622/91‑1 TTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTA < 1:16876/91‑1 TTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTA < 1:1654397/91‑1 TTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTA < 1:16889/91‑1 CTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAA < 1:3712320/91‑1 TTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAA < 1:2212829/91‑1 TTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAA < 2:17262/91‑1 ACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTATAATTAATATAAAAATTA < 2:3038489/91‑1 ACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAAATAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTA < 2:3039486/91‑1 AATTGTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAA < 2:2775175/91‑1 AATAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATAT > 1:138037/1‑91 ATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCA > 1:2239473/1‑91 TCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCAT > 1:355397/1‑91 TCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCC > 1:1340632/1‑91 CGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAACTTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCA > 2:11026/1‑91 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT < 2:2342949/91‑1 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT > 1:53812/1‑91 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT > 1:383977/1‑91 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT > 1:383964/1‑91 CGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATT > 1:3277924/1‑91 GATTGTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:3234384/91‑1 GATTCTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:3233960/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:2086543/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:2086693/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:2645143/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:2936192/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 2:2524981/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTG < 1:1261779/91‑1 GATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGACATTG > 2:3582744/1‑91 ATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGC < 1:938940/91‑1 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:1526388/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 2:1021219/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 2:2846466/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:199928/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:1525403/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:200518/1‑91 TTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCT > 1:3497171/1‑91 ATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG < 2:1656719/91‑1 ATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG < 1:3138118/91‑1 ATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG < 1:3138014/91‑1 GAATGATATATTTTTTAGGTTCTTTAACTTCTAATTCTAATTTTGTTGGATTTTTAATTTTTAAATTAATTAAAATAATCGTCGTGGCGGCGATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2142868‑2142773‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTG > USA300TCH1516_ALE/2142794‑2142883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |