| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2142773 = | 188 (0.990) | 15 (0.090) | 12/148 | NT | 8.6% | coding (152/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2142794 = | 146 (0.830) | coding (173/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTGG > USA300TCH1516_ALE/2142704‑2142884 | ccATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTAttt < 1:63930/91‑1 (MQ=255) ttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataatcgccgccacgacgattaTTttaatta < 1:1654397‑M2/9‑1 (MQ=255) gTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaatta < 2:2065233/91‑1 (MQ=255) tACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaattaa < 2:1851635/91‑1 (MQ=255) aCAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTtaattaat > 2:1326111/1‑91 (MQ=255) aaTATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTaattacttc > 2:3869569/1‑90 (MQ=255) aaTATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAAttt < 2:2383943/91‑1 (MQ=255) atatAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATtta > 1:66726/1‑91 (MQ=255) atatAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATtta > 2:2862972/1‑91 (MQ=255) tataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaa > 1:1612574/1‑91 (MQ=255) tataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaa > 1:1498345/1‑91 (MQ=255) tataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaa > 1:2003748/1‑91 (MQ=255) tataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaa < 1:2833492/91‑1 (MQ=255) ctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataatcgccgccacgacgattaTTTTAATTAATttaaa < 1:3712320‑M2/16‑1 (MQ=255) tttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataatcgccgccacgacgattaTTTTAATTAATttaaaa < 1:2212829‑M2/17‑1 (MQ=255) ttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataatcgccgccacgacgattaTTTTAATTAATttaaaaa < 2:17262‑M2/18‑1 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat > 2:2142922/1‑91 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat > 1:3535421/1‑91 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat > 1:2337100/1‑91 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat < 2:1005426/91‑1 (MQ=255) tGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaatt > 1:2969750/1‑91 (MQ=255) agCATAGAACTGACTAAACCAGACATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCTCCACTACGATTATTTTAATTAATttaaaaatta < 2:3286965/90‑1 (MQ=255) acttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataatcgccgccacgacgattaTTATAATTAATataaaaatta < 2:3038489‑M2/21‑1 (MQ=255) gCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaa < 2:3674944/91‑1 (MQ=255) aTAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaaa > 1:2290651/1‑91 (MQ=255) aTAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaaa < 1:1316425/91‑1 (MQ=255) aTAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaaa > 1:350887/1‑91 (MQ=255) aGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTtaaaaattaaaaat > 1:261279/1‑91 (MQ=255) aCTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCca < 1:201669/91‑1 (MQ=255) aCTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCca < 1:2532921/91‑1 (MQ=255) tGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaac > 1:1978651/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa > 1:106923/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa > 2:363170/1‑91 (MQ=255) cTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACaaa < 1:2590949/91‑1 (MQ=255) tAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACaaaa > 1:849673/1‑91 (MQ=255) aaaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaat < 2:1977801/91‑1 (MQ=255) gCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCca < 2:2373610/81‑1 (MQ=255) gCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCca > 1:2373610/1‑81 (MQ=255) gCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAcattag > 2:1758600/1‑91 (MQ=255) cAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattaga < 2:2528039/91‑1 (MQ=255) cAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattaga < 2:2165230/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaa < 1:310154/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaa < 2:876446/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTACATACAACTTGTTCTAATTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaa < 1:3607862/91‑1 (MQ=255) gTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaat < 1:3120108/91‑1 (MQ=255) gTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaat < 1:3399037/91‑1 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta > 1:2316738/1‑91 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta > 2:611080/1‑91 (MQ=255) ttACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAAttagaattagaa > 1:2489309/1‑91 (MQ=255) tacatacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAg > 1:218525/1‑91 (MQ=255) taatttttaaattaattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTATTTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGt < 2:3039486‑M1/70‑1 (MQ=255) acatacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGt < 2:2673407/91‑1 (MQ=255) acatacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGt > 1:1842766/1‑91 (MQ=255) atacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTa < 2:3132872/91‑1 (MQ=255) tacaACTTGTTCTAATTTTAATCGCCGCCACTACAATTATTTTGATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTaa < 2:1377430/91‑1 (MQ=255) caACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAg > 1:1783455/1‑91 (MQ=255) caACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAg > 1:1396083/1‑91 (MQ=255) caACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAg > 1:1783907/1‑91 (MQ=255) aaCTTGTTCGATTTTTAATCGGCGACACGACGAGTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAAGCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGa < 2:485675/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGaa < 1:1111847/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGaa > 2:3015532/1‑91 (MQ=255) cTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTATAATTAGAAGTTAAAGAAc < 2:3753038/91‑1 (MQ=255) cTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAAc < 1:2439483/91‑1 (MQ=255) ttGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAAcc < 2:1419881/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 2:2725566/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 1:3832230/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 2:693576/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 2:2454140/91‑1 (MQ=255) taattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 1:16889‑M1/82‑1 (MQ=255) cTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaaa > 1:1878800/1‑91 (MQ=255) attaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaaa < 1:2356622‑M1/84‑1 (MQ=255) ttttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAata > 2:150262/1‑91 (MQ=255) tttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatat < 1:3463164/91‑1 (MQ=255) atcgtcgtggcggcgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCa > 1:2239473‑M2/20‑91 (MQ=255) ATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCa < 2:443159‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCAt < 1:3009361‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCAt < 2:2482439‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTc > 1:3745538‑M1/1‑91 (MQ=255) tcgtggcggcgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTcc > 1:1340632‑M2/16‑91 (MQ=255) ccgccACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTcc > 1:1445478/1‑91 (MQ=255) cgccACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCa < 1:2410602/91‑1 (MQ=255) cACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATgg < 1:2107698/91‑1 (MQ=255) cACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATgg > 2:3455057/1‑91 (MQ=255) acgacgATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATggg < 2:2300372/91‑1 (MQ=255) acgacgATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATggg < 2:2048825/91‑1 (MQ=255) cgacgaTTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGc > 1:2689798/1‑91 (MQ=255) cgacgaTTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGc < 2:106923/91‑1 (MQ=255) acgaTTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCAt < 2:1195152/91‑1 (MQ=255) acgaTTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCAt > 2:929543/1‑91 (MQ=255) cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCAtt > 1:383977‑M2/7‑91 (MQ=255) cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCAtt > 1:53812‑M2/7‑91 (MQ=255) cgattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCAtt > 1:3277924‑M2/7‑91 (MQ=255) gattcTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTg < 1:3233960‑M2/86‑1 (MQ=255) gattaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGACATTg > 2:3582744‑M2/6‑91 (MQ=255) attaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGc < 1:938940‑M2/87‑1 (MQ=255) ttaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCt > 2:2846466‑M2/4‑91 (MQ=255) ttaTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCt > 2:1021219‑M2/4‑91 (MQ=255) aTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTg < 2:1656719‑M2/90‑1 (MQ=255) aTTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTg < 1:3138118‑M2/90‑1 (MQ=255) ttttAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTgg > 1:1084735/1‑91 (MQ=255) | TACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATATCATTCCATGGGCATTGCTTGG > USA300TCH1516_ALE/2142704‑2142884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |