| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2142773 = | 188 (0.990) | 15 (0.090) | 12/148 | NT | 8.6% | coding (152/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2142794 = | 146 (0.830) | coding (173/744 nt) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CGCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATAT > USA300TCH1516_ALE/2142683‑2142863 | caagcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaat < 1:3138118‑M1/1‑1 (MQ=255)cGCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTAttttt < 2:2398989/91‑1 (MQ=255) gCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTa > 1:1325604/1‑91 (MQ=255) agcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataa > 1:1525403‑M1/89‑91 (MQ=255) agcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataa > 2:2846466‑M1/89‑91 (MQ=255) agcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataa > 1:200518‑M1/89‑91 (MQ=255) agcaatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaataa > 1:199928‑M1/89‑91 (MQ=255) caatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATc < 1:2645143‑M1/5‑1 (MQ=255) caatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATc < 1:2086543‑M1/5‑1 (MQ=255) caatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaCAATc < 1:3234384‑M1/5‑1 (MQ=255) ctcATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACATTATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcg < 1:3106993/91‑1 (MQ=255) ctcATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcg < 1:3106581/91‑1 (MQ=255) aatgcccatggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATcg > 1:383964‑M1/86‑91 (MQ=255) tcATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcgc > 1:3132872/1‑91 (MQ=255) cATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcgcc > 1:2210547/1‑91 (MQ=255) aTTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATcgccg < 2:1093986/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCac < 1:1206622/91‑1 (MQ=255) tggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaagtttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCacg > 2:11026‑M1/78‑91 (MQ=255) aaaaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacg < 1:2054548/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacg < 2:1393421/91‑1 (MQ=255) ggaatgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCacga > 1:1340632‑M1/77‑91 (MQ=255) aaaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacga > 2:1615879/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacgac < 2:1975087/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAACCGCCGCCacgac > 2:3227498/1‑91 (MQ=255) aaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGTACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacgacg > 2:3808842/1‑91 (MQ=255) aaaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCacgacg < 2:3641008/91‑1 (MQ=255) atgatatattttttaggttctttaacttctaattctaattttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGCCGCCAcgacga > 1:355397‑M1/74‑91 (MQ=255) aaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCAcgacga > 2:737145/1‑91 (MQ=255) aaaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCAcgacga > 1:3391785/1‑91 (MQ=255) aaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGat < 1:756011/91‑1 (MQ=255) aaTTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGat < 1:995869/91‑1 (MQ=255) aaTTACCATTCGTGCAATATAGTGGCATAGTGCTGTCTAAAGCAGTCATTTACATGCAACTTGTTCTATTGTTAATCGCCGCCACGACGat < 2:2536696/91‑1 (MQ=255) ttACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGatta > 1:1867496/1‑91 (MQ=255) ttACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGatta < 1:1965825/91‑1 (MQ=255) tACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGattat > 1:3534269/1‑91 (MQ=255) cATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTAtttt > 2:202326/1‑91 (MQ=255) tttGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaa < 2:1348681/91‑1 (MQ=255) gTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaatta < 2:2065233/91‑1 (MQ=255) tACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaattaa > 1:93259/1‑91 (MQ=255) tACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaattaa > 2:1961790/1‑91 (MQ=255) tACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTttaattaa < 2:1851635/91‑1 (MQ=255) aCAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTtaattaat > 2:1326111/1‑91 (MQ=255) cAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTaattaatt > 2:2240522/1‑91 (MQ=255) cAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTaattaatt > 2:2936192/1‑91 (MQ=255) cAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTaattaatt < 2:1009949/91‑1 (MQ=255) aaTATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAAttt < 2:2383943/91‑1 (MQ=255) tataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaa < 1:2833492/91‑1 (MQ=255) tataGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaa > 1:1612574/1‑91 (MQ=255) aGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaa < 1:2604181/91‑1 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat > 1:2225312/1‑91 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat > 2:2142922/1‑91 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat < 2:1005529/91‑1 (MQ=255) gTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaat > 1:2337121/1‑91 (MQ=255) tGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaatt > 1:2969750/1‑91 (MQ=255) tGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaatt > 2:2107698/1‑91 (MQ=255) ggCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaatta < 2:3283078/91‑1 (MQ=255) aTAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATttaaaaattaaaa > 1:2290651/1‑91 (MQ=255) gAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATc < 1:1480784/91‑1 (MQ=255) aaCTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATcc < 1:467584/91‑1 (MQ=255) aCTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCca > 2:832198/1‑91 (MQ=255) cTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaa > 1:653799/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa > 1:106923/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCcaacaa > 2:363170/1‑91 (MQ=255) cTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACaaa > 1:2435787/1‑91 (MQ=255) tAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACaaaa > 1:849673/1‑91 (MQ=255) aaaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaat > 1:3209516/1‑91 (MQ=255) ttgttggatttttaatttttaaattaattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACACaatt < 2:2775175‑M1/58‑1 (MQ=255) aaGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaatt > 1:2448506/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaatta < 2:639717/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaa < 2:876716/91‑1 (MQ=255) aGTCATTTACATACAACTTGTTCTAATTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaa < 1:3607862/91‑1 (MQ=255) gTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaat > 2:3038502/1‑91 (MQ=255) gTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaat > 1:2817355/1‑91 (MQ=255) tCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatt > 2:2371345/1‑91 (MQ=255) tCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatt < 1:1792506/91‑1 (MQ=255) cATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAaattagaatta > 1:2316738/1‑91 (MQ=255) acatacaACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGt < 2:2673407/91‑1 (MQ=255) tttttaaattaattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTaa < 2:17262‑M1/73‑1 (MQ=255) tttaaattaattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAg < 1:3712320‑M1/75‑1 (MQ=255) caACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAg > 1:1783907/1‑91 (MQ=255) aaCTTGTTCGATTTTTAATCGGCGACACGACGAGTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAAGCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGa < 2:485675/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGaa > 2:3015532/1‑91 (MQ=255) aCTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGaa < 1:1111847/91‑1 (MQ=255) cTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTATAATTAGAAGTTAAAGAAc < 2:3753038/91‑1 (MQ=255) ttGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAAcc < 1:249319/91‑1 (MQ=255) ttGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAAcc < 2:1419928/91‑1 (MQ=255) tGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGACCCt > 1:3494111/1‑91 (MQ=255) tGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCt > 1:2182016/1‑91 (MQ=255) tGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCt < 1:3820418/91‑1 (MQ=255) tGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCt > 1:3015721/1‑91 (MQ=255) ttCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 2:2454140/91‑1 (MQ=255) taattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 1:16889‑M1/82‑1 (MQ=255) taattaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaa < 1:1654397‑M1/82‑1 (MQ=255) cTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAGCCTaaaa > 2:3443525/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaaa > 1:1878800/1‑91 (MQ=255) attaaaaTAATCGTCGTGGCGGCGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTaaaa < 1:2356622‑M1/84‑1 (MQ=255) tttttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAat > 1:2559314/1‑91 (MQ=255) tttttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAat < 2:1552362/91‑1 (MQ=255) tttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatat < 1:3463164/91‑1 (MQ=255) ttAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAatata < 2:3472550/91‑1 (MQ=255) | CGCTTCTCATTGTAAAAAAATTACCATTTGTACAATATAGTGGCATAGAACTGACTAAAGCAGTCATTTACATACAACTTGTTCTATTTTTAATCGCCGCCACGACGATTATTTTAATTAATTTAAAAATTAAAAATCCAACAAAATTAGAATTAGAAGTTAAAGAACCTAAAAAATATAT > USA300TCH1516_ALE/2142683‑2142863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |