| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2150647 = | 195 (1.020) | 18 (0.110) | 13/136 | NT | 11.1% | intergenic (+310/+57) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2150691 = | 124 (0.770) | intergenic (+354/+13) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase | |||||
ATTAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2150748‑2150647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > USA300TCH1516_ALE/2150691‑2150780 ATTAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGC > 2:3332499/1‑91 TTAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCT < 2:1206280/91‑1 TAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTA < 1:141373/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC < 1:1194922/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC < 1:328427/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC < 1:2471840/91‑1 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC > 1:2931915/1‑91 AATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTAC > 2:2270031/1‑91 ATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACA > 2:1073412/1‑91 ATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACA < 2:3484915/91‑1 ATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACA < 2:2247280/91‑1 ATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACA < 2:3056329/91‑1 ATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACA < 1:2582667/91‑1 TAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACAC > 1:3289810/1‑91 AGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACT > 2:3021326/1‑91 AGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACT < 2:2653143/91‑1 GTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTG > 1:2782657/1‑91 GTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTG > 1:2782729/1‑91 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT > 2:1837387/1‑91 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT < 2:563324/91‑1 TGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTT > 2:1162827/1‑91 TGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTT > 1:3750738/1‑91 CCAACATTACAAGAAGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTA < 2:1476221/91‑1 TTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTAAAAAac < 1:820848/91‑3 TTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAA > 1:814394/1‑91 AAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACC > 1:1184365/1‑91 CATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAACTGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAA > 2:851206/1‑91 TATAAAACATTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTT > 1:1947895/1‑91 TAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGG > 1:1721524/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:629170/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:629245/1‑91 AGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACT > 2:954417/1‑91 AGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACT > 1:3470088/1‑91 GTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTA > 1:1914656/1‑91 GTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTA > 2:3297281/1‑91 TGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTACTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAT > 2:2822698/1‑91 GTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATT > 1:2767663/1‑91 AGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAA > 1:2690136/1‑91 GGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAAT > 2:3837161/1‑91 GGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAAT > 2:931121/1‑91 GGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAAT > 2:221551/1‑91 AAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAG > 2:3397858/1‑91 CTACACTGTTTTATAACTGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCAC < 2:3702361/91‑1 CTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCAC > 1:1168839/1‑91 tactCTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACT > 2:1320427/5‑91 TACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACT > 2:2171107/1‑91 TACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACT > 2:2171118/1‑91 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA > 2:145389/1‑91 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA > 2:145447/1‑91 CACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTAT < 1:3372784/91‑1 ACTGTTTTATAAATGAATTCCTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTCATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATT > 2:2536539/1‑91 ACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATT < 1:336087/91‑1 ACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATT < 2:674339/91‑1 CTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTG > 2:2235496/1‑91 CTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTG > 2:1871935/1‑91 GTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCA < 1:67084/91‑1 GTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCA > 1:1679631/1‑91 TTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAG > 2:3588809/1‑91 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC < 1:2938516/91‑1 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC > 1:1524454/1‑91 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC < 1:2939235/91‑1 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC < 1:931121/91‑1 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC < 1:2938699/91‑1 TTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCA > 1:2286904/1‑91 TTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCA > 2:14662/1‑91 TTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCA > 1:2287431/1‑91 TTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCA > 2:2401527/1‑91 TTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCA > 1:3435874/1‑91 TATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA < 2:3455767/91‑1 TATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA < 1:95594/91‑1 TATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > 1:2569408/1‑91 TATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > 1:999349/1‑91 ATTAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2150748‑2150647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > USA300TCH1516_ALE/2150691‑2150780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |