| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2160376 = | 157 (0.820) | 13 (0.080) | 10/136 | NT | 8.5% | intergenic (+9/‑352) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2160413 = | 148 (0.920) | intergenic (+46/‑315) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAGTTAGAGTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2160477‑2160376‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agttagagttatTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACCCACAAGTAAATT > USA300TCH1516_ALE/2160413‑2160502 AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 1:1582816/91‑1AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 2:150175/91‑1AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 1:701620/91‑1AGTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACA < 1:1427295/91‑1 GTCTGTGGATAGCTATAATATCAGCGTTTTTATTGTGAAT‑AAAAAAATTAAAATTTGTAAAAAAATAACTCTAACTATAGCGATTTTACAG > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |