| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2160376 = | 157 (0.820) | 13 (0.080) | 10/136 | NT | 8.5% | intergenic (+9/‑352) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2160413 = | 148 (0.920) | intergenic (+46/‑315) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCT > USA300TCH1516_ALE/2160286‑2160466 | aTTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACA < 2:309953‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACAT > 2:1484968‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACAT > 2:2371295‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACAT > 2:2873909‑M1/1‑91 (MQ=255) tAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATA < 2:1460649‑M1/91‑1 (MQ=255) tacttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAAc < 2:1304827‑M1/5‑1 (MQ=255) tacttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAAc < 1:3520298‑M1/5‑1 (MQ=255) tATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTC < 2:742253‑M1/91‑1 (MQ=255) cttgtgggtaactaggataagtctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAActc > 1:493324‑M1/85‑91 (MQ=255) tCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTA < 1:2079428‑M1/91‑1 (MQ=255) tCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTA > 1:3221891‑M1/1‑91 (MQ=255) tCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTA > 2:53002‑M1/1‑91 (MQ=255) ccAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAA < 2:2320989‑M1/91‑1 (MQ=255) ccAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAA > 2:889421‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ataCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGAtattat < 2:2473248/91‑1 (MQ=255) taCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATtata > 1:1052169/1‑91 (MQ=255) taCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATtata > 1:616006/1‑91 (MQ=255) cATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACg < 2:1335232/78‑1 (MQ=255) aTAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatatttttatagtttttgttgtaattcttcccatttagacatagcgtgttct < 1:699373‑M1/91‑80 (MQ=255) ATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCt < 1:3813611‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATTAGCTATCCAAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCT > USA300TCH1516_ALE/2160286‑2160466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |