| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211758 | 190 (1.000) | 24 (0.150) | 11/138 | NT | 12.5% | intergenic (+751/+62) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211795 | 172 (1.050) | intergenic (+788/+25) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2211658‑2211758‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaataatgtgcACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATG < USA300TCH1516_ALE/2211795‑2211706 GGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAA < 2:74347/91‑1GGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAA < 1:449945/91‑1GGATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAA < 2:366149/91‑1GGATGACTTTCACACTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAA > 2:3297460/1‑91 GATGACTTTCACATTTGAAA‑TCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAA < 2:769527/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/2211795‑2211706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |