| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211758 | 190 (1.000) | 24 (0.150) | 11/138 | NT | 12.5% | intergenic (+751/+62) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211795 | 172 (1.050) | intergenic (+788/+25) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC | |||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
CACATTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTT > USA300TCH1516_ALE/2211668‑2211848 | acaTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTgcg > 2:2483727/1‑91 (MQ=255) acaTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTgcg < 2:354648/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGcc > 1:1684599/1‑91 (MQ=255) ttGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCt > 1:2352478/1‑91 (MQ=255) ttGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCt > 2:803142/1‑91 (MQ=255) aaaTCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCtata > 2:3738722/1‑91 (MQ=255) atcatcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATaaa > 2:3261468/1‑91 (MQ=255) catcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGt < 1:2044609/91‑1 (MQ=255) catcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGt < 1:3592113/91‑1 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt < 2:3468013/91‑1 (MQ=255) atcTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGtt > 1:112045/1‑91 (MQ=255) cTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTaa > 1:223434/1‑91 (MQ=255) ttACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTaaa > 2:1913129/1‑91 (MQ=255) tACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTaaaa > 2:2034623/1‑91 (MQ=255) tACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTaaaa > 2:2161684/1‑91 (MQ=255) aCTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAAt < 1:1498055/91‑1 (MQ=255) aCTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAAt < 2:1666248/91‑1 (MQ=255) ctgctgTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAAtt < 1:2551492/91‑1 (MQ=255) ctgTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATc > 2:938921/1‑91 (MQ=255) ctgTTTCTATCTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATc > 2:2294680/1‑91 (MQ=255) ctgTTTCGATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATGATc < 2:3435714/91‑1 (MQ=255) tgTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTACAATTATCt > 2:3366513/1‑91 (MQ=255) ttCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCa < 2:2683303/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCa < 2:1217157/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTATCACATATTGTATAATGAGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCa > 2:2219870/1‑91 (MQ=255) tCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCaa > 1:3457246/1‑91 (MQ=255) aTTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGATAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaacttt < 1:3357311‑M1/91‑31 (MQ=255) aTTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACtt < 2:3862230/91‑1 (MQ=255) aTTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACtt < 1:2875842/91‑1 (MQ=255) aTTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACtt < 2:2184251/91‑1 (MQ=255) ttATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttat < 1:68516‑M1/91‑33 (MQ=255) aTCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatag < 1:3786289‑M1/91‑35 (MQ=255) aTCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAg > 1:2498693/1‑91 (MQ=255) acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:604086/1‑91 (MQ=255) caTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggca < 2:675191‑M1/91‑39 (MQ=255) caTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggca < 2:3650241‑M1/91‑39 (MQ=255) cATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTg > 1:2928347‑M2/1‑90 (MQ=255) cATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTg < 2:3158514‑M2/91‑2 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgc < 1:2336086‑M1/91‑40 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAGAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgc > 2:2491637‑M2/1‑89 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgc < 1:3122648‑M2/91‑3 (MQ=255) atTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcac < 2:2302550‑M1/91‑42 (MQ=255) atTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcac < 1:1991060‑M1/91‑42 (MQ=255) ttGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcaca < 1:1606828‑M1/91‑43 (MQ=255) ttGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATCGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcaca < 1:3114457‑M1/91‑43 (MQ=255) tGTATAATGTGACACTAAATTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacat < 1:1180678‑M2/91‑7 (MQ=255) gTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacatt < 1:334893‑M1/91‑45 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 1:3750250‑M2/91‑10 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 1:1091920‑M2/91‑10 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 2:2049441‑M2/1‑82 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 2:3061104‑M2/91‑10 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt > 1:49829‑M2/1‑81 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt < 1:1778431‑M2/91‑11 (MQ=255) aaTGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattattt > 2:588790‑M2/1‑80 (MQ=255) tgtgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTgg < 1:1651630/91‑1 (MQ=255) gtgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTGTCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGa < 2:1598291/91‑1 (MQ=255) tgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGAc < 2:2832324/91‑1 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:3039997/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 2:2937970/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:2959079/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACAGTAGTTGGACtt > 1:883782/1‑91 (MQ=255) cTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCt > 2:867363/1‑91 (MQ=255) cTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCt < 2:1490466/91‑1 (MQ=255) cTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCt > 1:2475610/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTa > 2:1723517/1‑91 (MQ=255) aaGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTaa > 1:3665495/1‑91 (MQ=255) aGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAg > 2:708092/1‑91 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg > 2:3397409/1‑91 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg < 1:2157498/91‑1 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg > 2:1105841/1‑91 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 2:3496576/91‑1 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt > 2:1150550/1‑91 (MQ=255) ttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGtt < 2:1383352/91‑1 (MQ=255) tCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTa < 2:2374000/91‑1 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAt > 2:1456430/1‑91 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAt < 1:2483771/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 2:3122648/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 2:541050/91‑1 (MQ=255) 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aaaTAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacatt > 1:669184‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaTAATGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacatt > 1:2596530‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTa > 1:925014/1‑91 (MQ=255) aataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacatta < 1:517350‑M1/91‑82 (MQ=255) aataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacatta < 1:3754536‑M1/91‑82 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg > 1:1396319/1‑91 (MQ=255) ataatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattat < 2:3060758‑M1/91‑83 (MQ=255) taatGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattata > 1:2743268‑M1/1‑8 (MQ=255) taatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGac < 2:1309593/91‑1 (MQ=255) atGTGCaccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattataca < 1:8915‑M1/91‑86 (MQ=255) tgtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGAcaca > 1:3290107/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 2:3282661/1‑91 (MQ=255) cgcCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACACTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGAcacacaag < 2:1315743/91‑5 (MQ=255) caccctaaaagttgaagataattttaactttatagggcgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatg > 1:1075910‑M1/1‑1 (MQ=255) | CACATTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATCACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTT > USA300TCH1516_ALE/2211668‑2211848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |