| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211758 | 190 (1.000) | 24 (0.150) | 11/138 | NT | 12.5% | intergenic (+751/+62) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2211795 | 172 (1.050) | intergenic (+788/+25) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTGCCTTTTTTATTGCTGCCGCCGTTGTG > USA300TCH1516_ALE/2211705‑2211885 | acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:604086/1‑91 (MQ=255)acaTATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGt > 1:2013528/1‑91 (MQ=255) cATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTg < 2:3158514‑M2/91‑2 (MQ=255) cATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTg > 1:2510946‑M2/1‑90 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAGAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgc > 2:2491637‑M2/1‑89 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgc < 1:3122648‑M2/91‑3 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgc < 1:3752801‑M2/91‑3 (MQ=255) atatTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgc > 2:229522‑M2/1‑89 (MQ=255) tGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacat < 1:8915‑M2/91‑7 (MQ=255) tGTATAATGTGACACTAAATTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacat < 1:1180678‑M2/91‑7 (MQ=255) gTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacatt < 1:2380361‑M2/91‑8 (MQ=255) tataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacatta < 2:3071517‑M2/91‑9 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 1:1091920‑M2/91‑10 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 2:1479931‑M2/91‑10 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat > 2:2049441‑M2/1‑82 (MQ=255) ataATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattat < 2:3061104‑M2/91‑10 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt < 1:1778431‑M2/91‑11 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt > 2:1427222‑M2/1‑81 (MQ=255) taATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatt > 1:49829‑M2/1‑81 (MQ=255) aaTGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattattt > 2:2847770‑M2/1‑80 (MQ=255) aaTGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattattt > 1:1062093‑M2/1‑80 (MQ=255) tgtgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTgg < 1:1651573/91‑1 (MQ=255) tgACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGAc > 2:697484/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:883882/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:2959079/1‑91 (MQ=255) acacTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACtt > 1:3039997/1‑91 (MQ=255) acTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGc < 1:2938739/91‑1 (MQ=255) cTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCt > 2:867363/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTa > 2:1190474/1‑91 (MQ=255) aaGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTaa < 2:1606951/91‑1 (MQ=255) aaGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTaa > 1:3665495/1‑91 (MQ=255) gTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAgg > 2:1105841/1‑91 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 2:3428048/91‑1 (MQ=255) tttCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGt < 1:15893/91‑1 (MQ=255) tCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAGAGTTAAAAGTATCTTCGACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTa < 2:2374158/91‑1 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTa < 1:3417484/84‑1 (MQ=255) cGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAt < 1:2481947/91‑1 (MQ=255) cTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAttt > 2:613934/1‑91 (MQ=255) cTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAttt > 2:2418806/1‑91 (MQ=255) tATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttc < 1:3331884/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct > 2:1554061/1‑91 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct > 1:2248297/1‑91 (MQ=255) aTTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttct < 1:1479931/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 1:1764036/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 2:688511/91‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttt < 2:744257/91‑1 (MQ=255) gAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGTTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctttt > 2:3505599/1‑91 (MQ=255) aaGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttcttttt < 1:582266/91‑1 (MQ=255) aGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAttcctttttc > 2:3779791/1‑91 (MQ=255) cGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTAtttctttttctt > 1:1571298/1‑91 (MQ=255) gAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATttctttttcttt > 1:388748/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTtctttttctttt > 2:246139/1‑91 (MQ=255) aaaTAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTa > 1:925014/1‑91 (MQ=255) cataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAGCTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 2:3845166/90‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg < 1:2797950/91‑1 (MQ=255) aataatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAg > 2:3393820/1‑91 (MQ=255) aatGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGaca > 2:601688/1‑91 (MQ=255) atGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattataca < 2:131560‑M2/91‑49 (MQ=255) tgtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGAcaca > 1:3290107/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaat < 2:2302550‑M2/91‑51 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 1:623858/1‑91 (MQ=255) gtgCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACaa > 2:3589066/1‑91 (MQ=255) 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cTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatgtgat < 2:3480332‑M2/91‑58 (MQ=255) tataAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTtgtgtg > 2:2185237/1‑91 (MQ=255) ataAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttttcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatgtgataa < 1:68516‑M2/91‑60 (MQ=255) aaaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTgcacattatttatcgcttcaatagcgaaacttagtgtcacattatacaatatgtgataaat < 1:3357311‑M2/91‑62 (MQ=255) aaaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGttt > 1:2294042/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGtttt < 1:2861850/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGttttt < 1:1286787/91‑1 (MQ=255) gTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTTGGACTTGCTAAGGTTATTTCTTTTTCTTTTTAGACACAACTTGTGTGTTTTTg < 1:666695/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |