| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 155 (0.810) | 18 (0.110) | 9/142 | NT | 11.9% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 130 (0.770) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2236121‑2236023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACG > USA300TCH1516_ALE/2236061‑2236148 CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA < 1:1329419/91‑1CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA > 2:76945/1‑91CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA < 1:764609/91‑1 TGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGA < 1:728360/91‑1 TGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGCCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGA > 2:2036400/1‑91 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CTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACG < 1:2424682/91‑1 CTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACG < 1:2424532/91‑1 CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2236121‑2236023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACG > USA300TCH1516_ALE/2236061‑2236148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |