| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 155 (0.810) | 18 (0.110) | 9/142 | NT | 11.9% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 130 (0.770) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
AATTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGT > USA300TCH1516_ALE/2235933‑2236113 | aaTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaa > 2:1664743/1‑91 (MQ=255)aaTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaa < 1:3842759/91‑1 (MQ=255)aaTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaa < 1:754775/91‑1 (MQ=255)aaTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGATTATAAATaaaaa < 2:789060/91‑1 (MQ=255) aTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaaa > 1:3115048/1‑91 (MQ=255) aTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaaa < 1:3409882/91‑1 (MQ=255) cgtcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAg < 1:2424682‑M1/3‑1 (MQ=255) cgtcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAg < 1:2424532‑M1/3‑1 (MQ=255) gtcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacatttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGc < 1:591585‑M1/4‑1 (MQ=255) tcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt > 2:2656739‑M1/87‑91 (MQ=255) tcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt < 1:2856229‑M1/5‑1 (MQ=255) tCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGt < 2:717226/91‑1 (MQ=255) aaaattcgctgctgcggatggatgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTc < 1:3577896‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaattcgctgctgcggatggacgtgtggtacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTc > 1:179552‑M1/84‑91 (MQ=255) aaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTc > 1:961999‑M1/84‑91 (MQ=255) aaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTc > 2:3058577‑M1/84‑91 (MQ=255) aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCt < 1:1736067/91‑1 (MQ=255) tATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTAc < 2:49597/91‑1 (MQ=255) tATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTAc > 1:1018932/1‑91 (MQ=255) gTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAAt < 1:1977944/91‑1 (MQ=255) ccgtcaacaTCGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTCTAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTcc < 2:2205189/87‑1 (MQ=255) aacaacATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAt < 1:1484694/91‑1 (MQ=255) aacaacATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAt < 1:140552/91‑1 (MQ=255) tgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatgaaacaactaatatagtaatcattAAGCTGTCTACAATTCCAtt > 2:3002685‑M1/72‑91 (MQ=255) acaacaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAtt > 1:2932231/1‑91 (MQ=255) caTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAAT‑AAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAgg > 1:382102/1‑91 (MQ=255) caTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATAACCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAg < 1:3812474/91‑1 (MQ=255) atggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAgg < 2:1091439‑M1/25‑1 (MQ=255) tggacgtgtggaacgatacaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGa > 2:2888682‑M1/66‑91 (MQ=255) ggTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGAt < 1:1989090/91‑1 (MQ=255) gTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATg > 1:3254410/1‑91 (MQ=255) gTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATg > 1:3255095/1‑91 (MQ=255) gTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATg < 1:3536111/91‑1 (MQ=255) acgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGc > 2:482935‑M1/63‑91 (MQ=255) cgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:3311619‑M1/62‑91 (MQ=255) cgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 2:575131‑M1/62‑91 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg > 2:1518926/1‑91 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg > 1:1326896/1‑91 (MQ=255) 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cACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCt < 1:1713553/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCtt > 1:376376/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCtt < 1:115015/91‑1 (MQ=255) cttcttTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTa > 1:3008482/1‑91 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa < 1:3333646/91‑1 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa > 2:2734632/1‑91 (MQ=255) ttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAt < 2:256331/91‑1 (MQ=255) ttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAt > 1:562436/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |