| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 155 (0.810) | 18 (0.110) | 9/142 | NT | 11.9% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 130 (0.770) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGTCC > USA300TCH1516_ALE/2235971‑2236151 | cttcttTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTa > 1:3008482/1‑91 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa > 1:1093339/1‑91 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa < 1:3517712/91‑1 (MQ=255) tttGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGa < 1:3333646/91‑1 (MQ=255) tGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGAtt > 2:2842804/1‑91 (MQ=255) acacAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACt < 1:1804108/91‑1 (MQ=255) cacaGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACta < 2:199185/91‑1 (MQ=255) caGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtata < 2:1079629/91‑1 (MQ=255) caGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtata > 1:1455585/1‑91 (MQ=255) caGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACtata > 1:1606083/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTatat > 1:671447/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTatat < 1:2548707/91‑1 (MQ=255) tCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTa > 1:350187/1‑91 (MQ=255) tCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTa < 2:2152658/91‑1 (MQ=255) tCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTa > 1:1213246/1‑91 (MQ=255) tgTAAGTATATATCCTTACTACGTTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACTA‑TACTATATTAgt < 2:3265948/90‑1 (MQ=255) cGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAg < 1:2458538/91‑1 (MQ=255) tAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgtt < 1:1739005/91‑1 (MQ=255) aaGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttg > 1:3632374/1‑91 (MQ=255) agcatataCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttgt > 2:2952185/4‑91 (MQ=255) aGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttgt < 2:3460274/91‑1 (MQ=255) aGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAgttgt > 2:3586504/1‑91 (MQ=255) tatataCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGttt > 1:3243410/1‑91 (MQ=255) tatataCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGttt > 2:107619/1‑91 (MQ=255) atataCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTg < 2:3634453/91‑1 (MQ=255) taCCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGAtt < 1:107619/91‑1 (MQ=255) cTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAg > 2:3807812/1‑91 (MQ=255) actacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATTGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGAcc > 1:551498/1‑91 (MQ=255) actacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGAcc < 2:1202382/91‑1 (MQ=255) actacGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGAcc < 1:394362/91‑1 (MQ=255) acGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCaaa > 2:1137175/1‑91 (MQ=255) acGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCaaa < 2:1193543/91‑1 (MQ=255) acGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCaaa > 1:2844641/1‑91 (MQ=255) acGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCaaa < 2:124158/91‑1 (MQ=255) gCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACt > 2:1295849/1‑91 (MQ=255) ttATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACttt < 1:1131293/91‑1 (MQ=255) aaataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgt < 2:609442/91‑1 (MQ=255) aataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTACGACCAAACTTTttgtt > 2:2976913/1‑91 (MQ=255) ataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgttg < 1:769331/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgttg < 2:1943496/91‑1 (MQ=255) ataaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTttgttg < 2:334644/91‑1 (MQ=255) taaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGa < 2:2047567/91‑1 (MQ=255) taaaAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGa > 1:3812377/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaa > 2:1659242/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaa > 2:2203305/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGaaa > 2:275363/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTGTCTAGAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAAc < 2:3232385/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAAc < 1:1979365/91‑1 (MQ=255) aaaGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACg > 2:3692989/1‑91 (MQ=255) AGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGtt > 2:1806795‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGtt < 1:1362863‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGtt < 1:1362574‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTc < 1:359583‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTcc < 1:3678113‑M1/91‑1 (MQ=255) gtctgcatcctataatggaattgtagtcagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcac > 2:2220299‑M2/34‑91 (MQ=255) GTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTTAAATGTTCcac < 2:3301926‑M1/91‑1 (MQ=255) GTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcac < 2:2501404‑M1/91‑1 (MQ=255) tctgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcaca > 1:761406‑M2/33‑91 (MQ=255) TCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGGCCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCcaca > 2:2036400‑M1/1‑91 (MQ=255) ctgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCacac > 2:2176681‑M2/32‑91 (MQ=255) tgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACg > 1:1697457‑M2/31‑91 (MQ=255) tgcatcctataatggaattgtagacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACg > 1:3311619‑M2/31‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |