| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306141 = | 172 (0.900) | 25 (0.170) | 15/126 | NT | 17.1% | intergenic (+7/+125) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2306185 = | 107 (0.720) | intergenic (+51/+81) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2306247‑2306141‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAA > USA300TCH1516_ALE/2306185‑2306274 AACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 2:353135/1‑91 CTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCA < 1:2384265/90‑1 CTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCA > 2:2384265/1‑90 TGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATG > 1:1921258/1‑91 GTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGA < 1:2908338/91‑1 GTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGA > 1:1837856/1‑91 GTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGA > 2:493480/1‑91 GTTAAAAGTATGGGAACAGTTGTCCTGTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGA < 2:284595/91‑1 TTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAATAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAA < 1:3657215/91‑1 TTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAA < 1:1771790/91‑1 TTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAA > 2:1457737/1‑91 TAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAAT > 1:85877/1‑91 TAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAAT > 1:399251/1‑91 TAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGCGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAAT > 2:160156/1‑91 AAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATG > 1:1254685/1‑91 AATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGAT > 2:2681880/1‑91 TTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT > 2:638840/1‑91 TTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT > 2:1277083/1‑91 TATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTT > 2:848087/1‑91 ATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTT < 2:3576426/91‑1 ATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTT < 2:1337943/91‑1 ATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTT > 2:3108068/1‑91 GGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTA < 1:3674220/91‑1 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AATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAT > 2:1011917/1‑91 AATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCAGAAT > 1:3485894/1‑91 ATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATT > 1:3667127/1‑91 ATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATT > 2:1889404/1‑91 ATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATT > 2:2189815/1‑91 TCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTT > 1:2353286/1‑91 TCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTT > 2:632477/1‑91 TCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTT > 1:1874011/1‑91 CATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTT > 2:3305233/1‑91 CATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTT > 2:2503116/1‑91 ATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTA > 2:3464611/1‑91 TTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCCTAAACAAATACAATAGGACAACTGTTCCCATAAGTTTAA > 1:3605948/1‑91 TTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAA > 1:1446151/1‑91 TCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAAC > 2:1706248/1‑91 CATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACA > 1:2390365/1‑91 AAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTG > 2:1741420/1‑91 ACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTT > 2:414653/1‑91 CCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTCCCCATAATTTCAACAGTTGTCCTTTTTC > 2:2523840/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2306247‑2306141‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAA > USA300TCH1516_ALE/2306185‑2306274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |