| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306141 = | 172 (0.900) | 25 (0.170) | 15/126 | NT | 17.1% | intergenic (+7/+125) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2306185 = | 107 (0.720) | intergenic (+51/+81) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAA > USA300TCH1516_ALE/2306096‑2306275 | cAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTaa < 2:2928458/91‑1 (MQ=255)cAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAt < 2:1309290/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAtt > 1:1102567/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTg > 1:362122/1‑91 (MQ=255) aaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGa < 1:1461818/91‑1 (MQ=255) tGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt > 2:2272793/1‑91 (MQ=255) tGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGAGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt < 2:1560001/91‑1 (MQ=255) tGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGAGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt < 2:2177773/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCa < 1:240552/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCaa > 2:379283/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCaa > 2:2568256/1‑91 (MQ=255) cAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAac > 1:1855984/1‑91 (MQ=255) cttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAaca > 1:1638024‑M1/36‑91 (MQ=255) aaaaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAact > 2:3252712/1‑90 (MQ=255) 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aaCTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACa > 1:2953674/1‑91 (MQ=255) aaCTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACa < 1:2149894/91‑1 (MQ=255) aCTAAATAAATTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa > 2:3422702/1‑91 (MQ=255) aataaatTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAgg > 1:1137808/1‑91 (MQ=255) taaatTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 2:2230050/91‑1 (MQ=255) taaatTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 2:716065/91‑1 (MQ=255) taaatTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 1:1741572/91‑1 (MQ=255) ataatTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 1:1616127/89‑1 (MQ=255) aaatAGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATCCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACa < 2:3816249/91‑1 (MQ=255) atTGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAAc > 2:132995/1‑91 (MQ=255) tGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTg > 2:95658/1‑91 (MQ=255) tGTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTg < 1:2152205/91‑1 (MQ=255) gTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc > 1:2603717/1‑85 (MQ=255) gTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 2:2603717/85‑1 (MQ=255) gTAT‑AAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt > 1:3017473/1‑91 (MQ=255) tat‑aAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt < 2:750179/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |