| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306141 = | 172 (0.900) | 25 (0.170) | 15/126 | NT | 17.1% | intergenic (+7/+125) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2306185 = | 107 (0.720) | intergenic (+51/+81) | USA300HOU_RS11765/USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCC > USA300TCH1516_ALE/2306052‑2306231 | tgttataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTa < 2:1855984‑M1/2‑1 (MQ=255)gcgTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGtata > 1:3353458/1‑91 (MQ=255) gttataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaa > 2:651439‑M1/89‑91 (MQ=255) cgTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTCTTTATACTCAAAATGAACAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaa > 2:1309526/1‑91 (MQ=255) cgTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaa > 1:821272/1‑91 (MQ=255) tataaatatatgtgaaagaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaa > 1:3329059‑M1/87‑91 (MQ=255) tataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaa > 1:1472212‑M1/87‑91 (MQ=255) tattatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaaaa < 2:2962861/91‑1 (MQ=255) tattatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaaaa < 1:2201206/91‑1 (MQ=255) ataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaaa < 2:2765078‑M1/6‑1 (MQ=255) ataaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaaa < 1:1648234‑M1/6‑1 (MQ=255) tatatCGATACTGAAGACCACGAAGACAGTATCTAAGCTCAAACTGATCAAAGAGGATACTATGAATTAACTAAATAAATTAGATaaaaaa < 2:3847837/89‑1 (MQ=255) taaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaaaa < 2:3473965‑M1/7‑1 (MQ=255) taaatatatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaaaa < 1:577199‑M1/7‑1 (MQ=255) ttatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATaaaaaaa > 2:2319728/1‑91 (MQ=255) ttatCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAAAGAATTAACTAAATAAATTGTATaaaaaaa > 1:3108068/1‑91 (MQ=255) atatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcat < 1:3041190‑M1/12‑1 (MQ=255) tatgtgaaaaaggacagctgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcatt > 2:3704329‑M1/79‑91 (MQ=255) tatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcatt > 1:965124‑M1/79‑91 (MQ=255) tatgtgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAAtcatt < 2:2853703‑M1/13‑1 (MQ=255) tgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATg > 1:898486‑M1/75‑91 (MQ=255) tgaaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATg > 1:427040‑M1/75‑91 (MQ=255) tGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATgg > 2:2347070/1‑91 (MQ=255) gaaaaaggacaactgttgaaattatggggacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATgg > 2:2523840‑M1/74‑91 (MQ=255) gAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGt < 1:708010/91‑1 (MQ=255) gAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGt < 2:407794/91‑1 (MQ=255) aaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaa > 1:199148‑M1/73‑77 (MQ=255) aaaaaggacaactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTaaaa < 2:198967‑M1/5‑1 (MQ=255) aaGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTg < 1:360597/91‑1 (MQ=255) aGACCGCGAAGACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGa < 2:3583834/91‑1 (MQ=255) aGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGa < 2:2595576/91‑1 (MQ=255) aGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGa < 2:2456899/91‑1 (MQ=255) aCCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAgg > 1:2832014/1‑91 (MQ=255) aCCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAgg > 1:2553137/1‑91 (MQ=255) ccACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAggg < 2:163595/91‑1 (MQ=255) cACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGc < 2:1972036/91‑1 (MQ=255) caactgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCtt > 2:1741420‑M1/65‑91 (MQ=255) cGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCtt > 1:750179/1‑91 (MQ=255) gAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTc < 1:2347758/91‑1 (MQ=255) aaTACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCa > 2:520670/1‑91 (MQ=255) tgttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatg > 1:2390365‑M1/61‑91 (MQ=255) tACATTATTTATGCTCGAGATGGTCAAAAAGTTTACAATGAATGAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatg < 2:819704/91‑1 (MQ=255) gttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatga > 2:1706248‑M1/60‑91 (MQ=255) aCATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatga > 1:3271498/1‑91 (MQ=255) ttaaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaa > 1:1446151‑M1/59‑91 (MQ=255) attattTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaat > 2:417186/1‑91 (MQ=255) attattTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaat > 1:1312705/1‑91 (MQ=255) ttatttatACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatg < 2:2924134/91‑1 (MQ=255) aaaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatg > 2:3305233‑M1/57‑91 (MQ=255) tatttatACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatga < 2:2637236/91‑1 (MQ=255) aaattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCatgaatga > 2:632477‑M1/56‑91 (MQ=255) atttatACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAt > 2:2705785/1‑91 (MQ=255) atttatACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTAATGGTGAGGGCTTCATGAATGAt > 2:305670/1‑91 (MQ=255) aattatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAt > 2:2189815‑M1/55‑91 (MQ=255) tttatACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAtt < 1:1292247/91‑1 (MQ=255) attatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAtt > 1:1899491‑M1/54‑91 (MQ=255) ttatgggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttt > 1:2564190‑M1/53‑91 (MQ=255) gggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgtggaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttttttt > 2:572877‑M1/49‑91 (MQ=255) aCTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGAttttttt > 1:1165822/1‑91 (MQ=255) ggaacagttgtccttttgtatttgtttatgctgggtgttgaatcaatTAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTa > 2:2136614‑M1/48‑91 (MQ=255) aaaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAAtt > 1:1102567/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTg > 1:2336990/1‑91 (MQ=255) tGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt > 2:2272793/1‑91 (MQ=255) tGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGAGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt < 2:1560001/91‑1 (MQ=255) tGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGAGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGAtt < 2:2177773/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCaa > 2:379283/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCaa > 1:2047571/1‑91 (MQ=255) cAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAac > 1:1855984/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAact > 2:3252712/1‑90 (MQ=255) aaaaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAaca < 1:1685853/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAaca > 1:2446464/1‑91 (MQ=255) aaaGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACAcc > 2:1254685/1‑91 (MQ=255) aGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCa < 1:3439382/91‑1 (MQ=255) ggttACAATAAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAg < 2:3760072/89‑1 (MQ=255) tttACAATGAATGAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGc < 2:3226358/91‑1 (MQ=255) ttACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCa < 1:1019350/91‑1 (MQ=255) tACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCAt > 1:3867390/1‑91 (MQ=255) aCAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATa > 2:2465293/1‑91 (MQ=255) aCAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATa > 2:202370/1‑91 (MQ=255) aCAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTCTTTAATTGATTCAACACCCAGCATa > 1:3601049/1‑91 (MQ=255) cAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATaa < 2:1077022/91‑1 (MQ=255) aTGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAAc > 1:3170593/1‑91 (MQ=255) tGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACa < 1:2850264/91‑1 (MQ=255) gAATTAACTAATTAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACaa < 1:3524125/91‑1 (MQ=255) aaCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACa < 1:2149894/91‑1 (MQ=255) aaCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACa > 1:2953175/1‑91 (MQ=255) aCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa > 2:932864/1‑91 (MQ=255) aCTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACaa > 2:3422702/1‑91 (MQ=255) ataaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGa < 2:658296/91‑1 (MQ=255) taaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 2:716065/91‑1 (MQ=255) taaatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 2:2230050/91‑1 (MQ=255) ataatTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc < 1:1616127/89‑1 (MQ=255) atTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAAc > 1:3474104/1‑91 (MQ=255) atTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAAc > 2:132995/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGAc > 1:2603717/1‑85 (MQ=255) gTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGt > 1:3017473/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt > 1:891955/1‑91 (MQ=255) tataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGtt < 2:750179/91‑1 (MQ=255) ataAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTc < 1:227204/91‑1 (MQ=255) TAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTcc < 1:3674220‑M1/91‑1 (MQ=255) | GCGTTATTATCGATACTGAAGACCACGAATACATTATTTATACTCAAAATGATCAAAAAGTTTACAATGAATTAACTAAATAAATTGTATAAAAAAATCATTCATGGTGAGGGCTTCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCC > USA300TCH1516_ALE/2306052‑2306231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |