| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2377221 = | 166 (0.870) | 30 (0.180) | 14/142 | NT | 18.1% | intergenic (+124/‑57) | USA300HOU_RS12205/glcU_2 | hypothetical protein/putative glucose uptake protein GlcU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2377253 = | 124 (0.730) | intergenic (+156/‑25) | USA300HOU_RS12205/glcU_2 | hypothetical protein/putative glucose uptake protein GlcU | |||||
TAAAGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2377319‑2377221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cacttgcatAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCTTAT > USA300TCH1516_ALE/2377253‑2377342 TAAAGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGAC < 1:579984/91‑1 AAGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACAC > 2:2391725/1‑91 AAGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACAC < 1:3634701/91‑1 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT < 2:6978/91‑1 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT > 2:1282529/1‑91 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT > 2:1215583/1‑91 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT > 1:3162311/1‑91 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT > 1:1483209/1‑91 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT < 1:1342874/91‑1 AGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAAGTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACT < 1:3442115/91‑1 GCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTT > 2:1531817/1‑91 GCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTT < 2:2160944/91‑1 GCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTT > 1:3583451/1‑91 CAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTG > 1:1556691/1‑91 CAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTG > 1:673555/1‑91 CAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTG < 2:2759504/91‑1 CAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTG < 1:2129935/91‑1 AGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGC < 2:616845/91‑1 AGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGC > 2:1165640/1‑91 GGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCA > 1:2239058/1‑91 GGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCA > 1:1264991/1‑91 GGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCA < 2:2586705/91‑1 GGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCA > 2:3532090/1‑91 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GCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCT > 1:3559272/1‑91 CAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCACTTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTG > 1:875516/1‑91 CAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTG > 1:3812482/1‑91 CAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTG > 1:875517/1‑91 CAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTG > 1:3415230/1‑91 AAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGC > 2:2308997/1‑91 AAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGC > 2:2183517/1‑91 AAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGC > 1:2071403/1‑91 AGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCT > 1:3341041/1‑91 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TCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATT > 2:2421218/1‑91 TCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATT > 2:114837/1‑91 TCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATT > 2:2232622/1‑91 TCCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATT > 2:124604/1‑91 CCCCTTAATTGACACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTC > 1:2648968/1‑91 CACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTC < 1:1783456/91‑1 CACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTC < 2:1750763/91‑1 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG < 1:530024/91‑1 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG > 2:2902489/1‑91 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG < 1:2656256/91‑1 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG < 1:315170/91‑1 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG < 1:431715/91‑1 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG > 1:3638252/1‑91 ACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCG < 1:529972/91‑1 TTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTT < 1:2604491/91‑1 TTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTT < 2:348078/91‑1 TTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTT < 2:3563465/91‑1 TTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTT < 2:1041211/91‑1 TTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTT > 1:379688/1‑91 TGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTC > 2:58719/1‑91 GCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCT < 1:1173574/91‑1 GCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCT < 1:1173556/91‑1 GCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCT > 2:219746/1‑91 GCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCT > 2:219723/1‑91 GCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCT < 1:1173587/91‑1 GCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCT < 2:1085290/91‑1 CATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCTT < 2:2296018/91‑1 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TAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCTTAT > 1:2353743/1‑91 TAAAGCAGGTAAAAGTGCGATTAAGAAATCAAGAAATTGCAAGACTACTCACTCTCCTATACTATTTATGCAAGTGCTCCCCTTAATTGACACTTGCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2377319‑2377221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cacttgcatAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGCACTTTTACCTGCTTTATTCTGGGGAAGTGTCGTTCTTAT > USA300TCH1516_ALE/2377253‑2377342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |