| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2383746 = | 125 (0.660) | 17 (0.110) | 9/136 | NT | 12.7% | intergenic (‑65/+52) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2383787 = | 128 (0.790) | intergenic (‑106/+11) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2383847‑2383746‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgttcagatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTAC > USA300TCH1516_ALE/2383787‑2383876 GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTG > 2:2721813/1‑91GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTG > 2:3820836/1‑91GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTG > 2:3817242/1‑91GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTG > 1:1686390/1‑91GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTG > 1:2403082/1‑91 TTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGC > 2:2522930/1‑91 TTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGC > 2:2522952/1‑91 TTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCG > 1:319552/1‑91 TTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCG > 1:294108/1‑91 TTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCG > 2:3207862/1‑91 TTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCG > 2:3207882/1‑91 TTAACAAAAGCTAAAAGTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCG < 2:2977736/91‑1 TTAACAAAAGCTAAAAATAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCG < 2:2977764/91‑1 TAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATCAGACTGTCATTTGCGT > 2:3713945/1‑91 TAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGT > 1:3747464/1‑91 TAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGT > 2:944237/1‑91 TAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGT > 1:1983320/1‑91 AACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTT < 1:2221434/91‑1 AACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTT < 2:3120279/91‑1 AACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTT < 2:2550166/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAACATAGATTAACGACTGAAATCTGAACTCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC > 2:3600217/1‑91 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 2:352265/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 2:2534954/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 1:724270/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 2:191684/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 1:447619/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 1:2897069/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC < 2:130568/91‑1 ACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACCCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTC > 2:3599494/1‑91 CAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCA > 2:2886760/1‑91 CAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCA > 1:1220413/1‑91 CAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCAGTTGCGTTCA < 1:1956448/91‑1 AAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAG < 2:830449/91‑1 AAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAG < 1:3404443/91‑1 AAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGA < 2:29530/91‑1 AAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGAT < 1:2714873/91‑1 AAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGAT > 2:2764301/1‑91 AAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGAT > 2:2766463/1‑91 AAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGAT < 1:1400093/91‑1 GCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTT < 2:1952525/91‑1 GCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTT > 1:1228286/1‑91 GCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTT > 1:917180/1‑91 AAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGA > 1:2235176/1‑91 ATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGAT > 1:2984341/1‑54 ATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGAT < 2:2984341/54‑1 GAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGT > 1:985342/1‑91 GAACGCTCATAAGACTGGCATTTGCGTTCAGATCTCAGTCGTTCACCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGT > 2:1977323/1‑91 AACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTT > 1:1897266/1‑91 CGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAA > 1:1358635/1‑91 CGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAA > 2:3644528/1‑91 CGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAA > 2:554479/1‑91 CGCTCATAAGACTGTAATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAA > 1:1554461/1‑91 GCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAA > 1:1863337/1‑91 GCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAA > 1:2834970/1‑91 TCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACG > 1:462693/1‑91 TCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACG > 1:2322799/1‑91 TCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACG > 2:764881/1‑91 CATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGC > 1:778892/1‑91 CATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGC > 2:2537843/1‑91 ATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCG > 2:263996/1‑91 TAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGG > 2:209573/1‑91 GCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAA < 2:1400093/91‑1 GCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAA < 1:2118802/91‑1 GCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAA < 1:2119093/91‑1 GCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAA > 2:324660/1‑91 GCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAA < 1:2648399/91‑1 CGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAAT > 1:3057023/1‑91 GTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATT > 1:3542755/1‑91 GTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATT < 1:1437898/91‑1 TTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTA > 1:2394381/1‑91 TCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAA > 1:780000/1‑91 CAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAAT > 2:242319/1‑91 CAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAAT > 2:1322173/1‑91 CAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAAT < 2:894240/91‑1 AGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATT > 1:2743226/1‑91 AGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTAAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATT > 2:3384073/1‑91 AGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTAAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATT > 2:3384106/1‑91 GATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTG < 1:2381038/91‑1 GATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTG < 2:1149497/91‑1 ATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGG > 1:3624099/1‑91 ATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGG > 2:2256441/1‑91 ATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGG > 1:3624388/1‑91 ATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGG > 1:3201300/1‑91 ATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCATTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGa > 2:3845328/1‑90 TTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGT > 1:94674/1‑91 TTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTA < 1:3121091/91‑1 TTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTA < 1:1322173/91‑1 TCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTAC < 2:1693242/91‑1 TCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTAC < 1:3812267/91‑1 TCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTAC < 1:3811604/91‑1 GTTTAACAAAAGCTAAAATTAAAATATCTCGTAAATTAAAACGAAAATAGATTAACGACTGAAATCTGAACGCTCATAAGACTGTCATTTGCGTTCAGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2383847‑2383746‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgttcagatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTAC > USA300TCH1516_ALE/2383787‑2383876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |