| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2383746 = | 125 (0.660) | 17 (0.110) | 9/136 | NT | 12.7% | intergenic (‑65/+52) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2383787 = | 128 (0.790) | intergenic (‑106/+11) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GAAAATTGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGC > USA300TCH1516_ALE/2383656‑2383836 | gtaccaattaattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactga < 1:3811604‑M1/1‑1 (MQ=255)gAAAATTGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAA < 2:2591781‑M1/91‑1 (MQ=255) taccaattaattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgaa < 1:3121091‑M1/2‑1 (MQ=255) ccaattaattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAAt > 1:3201300‑M1/88‑91 (MQ=255) ccaattaattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAAt > 1:3624388‑M1/88‑91 (MQ=255) aaTTGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAAT > 1:1024739‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAAT > 1:132053‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAAT > 2:1113733‑M1/1‑91 (MQ=255) caattaattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATc < 2:1149497‑M1/5‑1 (MQ=255) aTTGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATC > 2:3522830‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCT > 2:1422128‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCT > 2:2119093‑M1/1‑91 (MQ=255) aattaattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaatttaaacgaaaatagattaacgactgAAATCt > 2:3384106‑M1/86‑91 (MQ=255) taattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGaa > 1:2394381‑M1/83‑91 (MQ=255) tAATAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAA < 1:2241645‑M1/91‑1 (MQ=255) aattgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAAc > 1:3542755‑M1/82‑91 (MQ=255) aaTAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAAC > 1:2719582‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAAC > 2:294108‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAAC > 2:1686390‑M1/1‑91 (MQ=255) ttgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGc < 1:2648399‑M1/12‑1 (MQ=255) ttgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGc < 1:2118802‑M1/12‑1 (MQ=255) gCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCaa < 1:852634/91‑1 (MQ=255) gCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCaa > 1:2464250/1‑91 (MQ=255) ttttATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGa < 2:77055/91‑1 (MQ=255) ttttATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGa > 1:1574622/1‑91 (MQ=255) tATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAg > 2:2477985/1‑91 (MQ=255) tATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAg > 2:3739454/1‑91 (MQ=255) tATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAg > 1:3158023/1‑91 (MQ=255) aTCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGt < 1:2750853/91‑1 (MQ=255) aTCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGt > 2:815505/1‑91 (MQ=255) tCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTc < 1:3380939/91‑1 (MQ=255) cacaGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCACAAATATTTTACTCAACCATTCTATACTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCt > 1:3443403/1‑91 (MQ=255) cacaGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCt > 2:2908965/1‑91 (MQ=255) ccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTa > 2:209573‑M1/66‑91 (MQ=255) cgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTAt > 2:263996‑M1/65‑91 (MQ=255) aGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGTCAGTCTTAt > 1:3713945/1‑91 (MQ=255) aGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTAt > 2:2066916/1‑91 (MQ=255) aGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTAt < 1:67871/91‑1 (MQ=255) 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tttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGc > 1:1863337‑M1/61‑91 (MQ=255) ttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCg > 2:3644528‑M1/60‑91 (MQ=255) ttCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcg > 1:3431120‑M2/1‑88 (MQ=255) ggcccccACTTACACTAGAGTCAAAAATATGCAACTCGACCGTTCTATAGTGTATAAAATAAGCTGAACGCAAATGACAGTCGTAGGAGct < 2:174870/89‑2 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 1:3659327‑M2/1‑86 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 1:1497269‑M2/1‑86 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttc < 1:3868724‑M1/91‑24 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttc < 2:1413026‑M1/91‑24 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |