| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2383746 = | 125 (0.660) | 17 (0.110) | 9/136 | NT | 12.7% | intergenic (‑65/+52) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2383787 = | 128 (0.790) | intergenic (‑106/+11) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTACA > USA300TCH1516_ALE/2383698‑2383877 | cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg > 2:154958/1‑91 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 1:2267902/1‑91 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 2:2082277/1‑91 (MQ=255) cTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTc > 2:1394923/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg > 1:3582913/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg < 2:334042/91‑1 (MQ=255) attaaaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 2:2311889/5‑91 (MQ=255) atTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 2:2520851/1‑91 (MQ=255) tCAAAGATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAAt < 2:525891/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTTTACGCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTa < 2:3229511/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAt > 1:2658051/1‑91 (MQ=255) aaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAtt > 2:3287983/1‑91 (MQ=255) tcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 1:2235176‑M1/34‑91 (MQ=255) atTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATc < 2:3092799/84‑1 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAATGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 1:3097280/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt < 1:1422128/91‑1 (MQ=255) aCTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtttt < 2:2227273/91‑1 (MQ=255) aCTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtttt > 2:238763/1‑91 (MQ=255) cTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTa > 1:3196441/1‑91 (MQ=255) tCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTaa < 2:648954/91‑1 (MQ=255) aaCCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAAtt < 1:2900021/91‑1 (MQ=255) ttCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACga < 1:181201/91‑1 (MQ=255) tCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACgag < 2:1669384/91‑1 (MQ=255) cTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACgaga > 1:723889/1‑91 (MQ=255) cTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACgaga > 2:2140677/1‑91 (MQ=255) cTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACgaga > 2:2691754/1‑91 (MQ=255) atatTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGata > 1:2131931/1‑91 (MQ=255) tatTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGatat > 2:783392/1‑91 (MQ=255) atTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatt < 1:2082277/91‑1 (MQ=255) atTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatt < 2:70792/91‑1 (MQ=255) atTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatt < 1:330357/91‑1 (MQ=255) atTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAGTTTCGTTTTAATTTACGAGATatt < 2:802642/91‑1 (MQ=255) ttGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattt < 1:3332520/91‑1 (MQ=255) tgtgTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatttt < 2:260601/91‑1 (MQ=255) gtAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaat < 1:363970/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt > 2:2780754/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt < 1:1024782/90‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaattt > 1:3513774/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTCTGAACACAAATGACTGTCTTATGAGCGTTCAGATCTCAGTCTTTACTCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatcttaattt < 2:3608461/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTGTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatttt < 1:3601239/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatttta > 2:1002671/1‑91 (MQ=255) AAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGc > 1:1228286‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGc > 1:917180‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAt > 1:2984341‑M1/1‑54 (MQ=255) ATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCtt > 2:2766463‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCttt < 2:29530‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCtttt < 1:3404443‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCtttt < 2:830449‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAACGCAACTGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTg < 1:1956448‑M1/91‑1 (MQ=255) GAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGt < 2:352265‑M1/91‑1 (MQ=255) GAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGt < 1:447619‑M1/91‑1 (MQ=255) GAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGt < 2:191684‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGtt < 2:3120279‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTa > 2:944237‑M1/1‑91 (MQ=255) ACGCAAATGACAGTCTGATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTa > 2:3713945‑M1/1‑91 (MQ=255) cgctcataagactgtcatttgcgttcagatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTaa > 2:3644528‑M2/33‑91 (MQ=255) CGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTATTTTTAGCTTTTGTTaa < 2:2977764‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTaa > 2:3207882‑M1/1‑91 (MQ=255) gctcataagactgtcatttgcgttcagatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTaaa > 1:1863337‑M2/32‑91 (MQ=255) gctcataagactgtcatttgcgttcagatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTaaa > 1:2834970‑M2/32‑91 (MQ=255) CAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAc > 1:1686390‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAc > 2:3820836‑M1/1‑91 (MQ=255) 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agatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTAAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCaattaatt > 2:3384106‑M2/7‑91 (MQ=255) gatttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTg < 2:1149497‑M2/86‑1 (MQ=255) ttCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTa < 1:1322173‑M2/89‑1 (MQ=255) tCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTAc < 1:3811604‑M2/90‑1 (MQ=255) cAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTACa < 2:2022979/91‑1 (MQ=255) cAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTACa < 1:2671816/91‑1 (MQ=255) | TCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCAATTAATTGGTACA > USA300TCH1516_ALE/2383698‑2383877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |