| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434877 | 165 (0.870) | 11 (0.070) | 8/140 | NT | 6.3% | intergenic (+145/+242) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434908 | 183 (1.100) | intergenic (+176/+211) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2434778‑2434877‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaacgcaATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCGT < USA300TCH1516_ALE/2434908‑2434819 ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑A < 1:3283390/91‑1 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 2:544240/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 1:1366182/1‑91 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA < 2:1062125/91‑1 TCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AA > 1:938550/1‑91 CATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AAC < 2:1290807/91‑1 ATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACA < 1:718367/91‑1 TTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAA < 2:3010766/91‑1 TTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAA < 2:3068574/91‑1 TTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAAC < 2:1813353/91‑1 TCAAAGCTTACGTGTCTTTTATGGTGTATAACATACGCATATGACCAATCATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG < 2:2951738/91‑1 TCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACG < 2:526076/91‑1 CAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATACAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGC > 2:379905/1‑91 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA > 1:1280917/1‑91 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA > 2:2810764/1‑91 AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA > 1:1280777/1‑91 ACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCTATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATC < 1:3297094/91‑1 ATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAA < 1:2454611/91‑1 TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAAC < 1:1514905/91‑1 TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAAC < 1:1515027/91‑1 GCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGC < 2:18569/91‑1 TATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTT < 2:124613/91‑1 GACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAT‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGT < 2:1337433/91‑1 GATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAAT < 2:3775632/91‑1 GATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAAT < 1:3699515/91‑1 GATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAG < 1:544240/91‑1 TAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAATAACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAG < 1:1293749/91‑1 AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGT < 2:861380/91‑1 AACAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGT < 2:1804105/91‑1 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA > 2:1766109/1‑91 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA < 1:1568458/91‑1 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA > 1:3550303/1‑91 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA < 1:2734530/91‑1 CAAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCA < 1:3682826/91‑1 AAACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCAT < 2:143946/91‑1 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA < 2:2837297/91‑1 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:1469041/1‑91 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:1470009/1‑91 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:3569395/1‑91 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:3569349/1‑91 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:2076601/1‑91 AACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATA > 1:3164735/1‑91 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT > 2:851539/1‑91 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT > 1:561149/1‑91 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT > 2:3716120/1‑91 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 2:106495/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 2:384988/91‑1 ACGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATAT < 2:385102/91‑1 CGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATG < 1:453930/91‑1 CGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATG < 2:3393052/91‑1 CGCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATG < 2:3673516/91‑1 GCAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGC < 1:2117807/91‑1 CAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTACTATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCGTTGGTCATATGCG > 1:3881709/1‑91 CAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCG < 1:3845830/91‑1 CAATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCG > 2:1183292/1‑91 AATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCGT > 2:2250646/1‑91 ATCATTTTCAAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAA‑‑AACAAACGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2434778‑2434877‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaacgcaATTGATATATGGAATGAATCCGTTAATCAACTGCGTTTGTTTTTAATATAAGAAATTGAATGGCCTTATCAAATCATTGGTCATATGCGT < USA300TCH1516_ALE/2434908‑2434819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |