BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2434877	165 (0.870)	11 (0.070)	8/140	NT	6.3%	intergenic (+145/+242)	ybbH_3/yifK	putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2434908	183 (1.100)	11 (0.070)	8/140	NT	6.3%	intergenic (+176/+211)	ybbH_3/yifK	putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK

Only 100 of 250 total aligned reads displayed.

TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACT  >  USA300TCH1516_ALE/2434818‑2434998

tACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAAt                                                                                            <  1:1632233/91‑1 (MQ=255)

 aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt                                                                                           >  2:2250646‑M2/1‑90 (MQ=255)

    cATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcg                                                                                        <  1:453930‑M2/91‑5 (MQ=255)

    cATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcg                                                                                        <  2:3673516‑M2/91‑5 (MQ=255)

    cATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcg                                                                                        <  2:3393052‑M2/91‑5 (MQ=255)

     atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt                                                                                       >  2:851539‑M2/1‑86 (MQ=255)

     atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt                                                                                       <  2:385102‑M2/91‑6 (MQ=255)

      tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt                                                                                      >  1:3164735‑M2/1‑85 (MQ=255)

      tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt                                                                                      >  1:3569349‑M2/1‑85 (MQ=255)

      tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt                                                                                      >  1:2076601‑M2/1‑85 (MQ=255)

      tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt                                                                                      >  1:1470009‑M2/1‑85 (MQ=255)

       atGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgttt                                                                                     <  2:143946‑M2/91‑8 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    >  2:1766109‑M2/1‑83 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    >  1:3550303‑M2/1‑83 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    <  1:2734530‑M2/91‑9 (MQ=255)

          aCCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtt                                                                                  <  2:1804105‑M2/91‑11 (MQ=255)

            cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt                                                                                >  2:3746718/1‑91 (MQ=255)

                   ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata                                                                         >  2:14183/1‑91 (MQ=255)

                   ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata                                                                         >  2:1029197/1‑91 (MQ=255)

                    tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa                                                                        <  1:3755881/91‑1 (MQ=255)

                     gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat                                                                       >  2:2419019/1‑91 (MQ=255)

                     gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat                                                                       <  2:3100321/91‑1 (MQ=255)

                       tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc                                                                     <  2:3047797/91‑1 (MQ=255)

                       tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc                                                                     <  2:1280917/91‑1 (MQ=255)

                       tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc                                                                     <  2:1357017/91‑1 (MQ=255)

                          ggCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAt                                                                  <  1:2570442/91‑1 (MQ=255)

                            ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt                                                                <  1:420543/91‑1 (MQ=255)

                               ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATTAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt                                                             <  2:78681/91‑1 (MQ=255)

                               ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt                                                             >  2:1427944/1‑91 (MQ=255)

                               ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt                                                             >  1:1178112/1‑91 (MQ=255)

                                 cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat                                                           >  1:3254587/1‑91 (MQ=255)

                                  aaTTACTTATATTAAAAACAAACTCAGTTGATTAACGGATTCATTCGATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatt                                                          >  1:3071065/1‑91 (MQ=255)

                                   aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                         <  1:23083/91‑1 (MQ=255)

                                   aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                         <  2:3285082/91‑1 (MQ=255)

                                    tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt                                                        >  1:3698484/1‑91 (MQ=255)

                                     ttCTTATGTTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta                                                       <  2:471165/91‑1 (MQ=255)

                                     ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTGTTttttatttta                                                       <  1:2974758/91‑1 (MQ=255)

                                      tCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaa                                                      >  1:2455155/1‑91 (MQ=255)

                                      tCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaa                                                      >  2:3593507/1‑91 (MQ=255)

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                                         tataTTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGc                                                   >  1:34072/1‑91 (MQ=255)

                                          atatTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGcc                                                  <  1:1766402/91‑1 (MQ=255)

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                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               >  1:2391201/1‑91 (MQ=255)

                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               >  2:2111714/1‑91 (MQ=255)

                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               >  2:11613/1‑91 (MQ=255)

                                                                               ccATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAg             <  1:3331468/91‑1 (MQ=255)

                                                                                cATATATCAATTGCGTTTGTTATTGTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGt            <  2:3600677/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  tatatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGttt          >  1:2538325/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   ttttCAATTGAGTTTGTTATTATAATAATGCTATTTTTTATTGTAATGCCCACAGTAAAAACTAACGATACTATTGCCACTTATAAGtttt         <  2:2982907/88‑1 (MQ=255)

                                                                                      tCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcc      >  1:183970/1‑90 (MQ=255)

                                                                                      tCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTca      >  2:801496/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       cAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcac     <  2:167995/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       cAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcac     >  2:2326767/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        aaTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTcaca    <  2:2895290/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         aTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCacac   <  1:1342636/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         aTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCacac   >  2:2099792/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         aTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCacac   >  1:3859833/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         aTTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCacac   >  1:944239/1‑91 (MQ=255)

TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACT  >  USA300TCH1516_ALE/2434818‑2434998

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.