| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434877 | 165 (0.870) | 11 (0.070) | 8/140 | NT | 6.3% | intergenic (+145/+242) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434908 | 183 (1.100) | intergenic (+176/+211) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACG > USA300TCH1516_ALE/2434787‑2434967 | aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg < 1:726264/91‑1 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg > 2:208955/1‑91 (MQ=255) ttACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGa < 2:3820549/91‑1 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 1:1352460/1‑91 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 1:3412053/1‑91 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 2:2012555/1‑91 (MQ=255) cATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTa < 1:3041658/91‑1 (MQ=255) aTGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTaa > 1:642381/1‑91 (MQ=255) aTGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTaa > 1:1312866/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAAc < 2:669598/91‑1 (MQ=255) tGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAAc > 1:2849982/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGCTGATTAAc > 2:3592369/1‑91 (MQ=255) gTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACg < 1:1888329/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACgg < 1:409450/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACgg > 1:3796737/1‑91 (MQ=255) cTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGa < 2:795609/91‑1 (MQ=255) cTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGa < 1:3172058/91‑1 (MQ=255) tttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGatt < 2:862420/91‑1 (MQ=255) tATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattca < 2:816754/91‑1 (MQ=255) cTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcattc > 1:1498514/1‑91 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat < 1:99697/91‑1 (MQ=255) aaCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat < 1:2451274/91‑1 (MQ=255) aaCATACGCATATGACCAATGATTTCATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat < 1:3612106/91‑1 (MQ=255) aCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATc < 2:1288789/91‑1 (MQ=255) aCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATc > 1:1764475/1‑91 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa > 1:966334/1‑91 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa > 2:2693845/1‑91 (MQ=255) aTACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCaa < 2:2578981/91‑1 (MQ=255) aTACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCaa > 2:494797/1‑91 (MQ=255) tACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaac < 1:1514905‑M1/91‑32 (MQ=255) aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt > 2:2250646‑M2/1‑90 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt > 2:851539‑M2/1‑86 (MQ=255) tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt > 1:1469041‑M2/1‑85 (MQ=255) atGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgttt < 2:143946‑M2/91‑8 (MQ=255) tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg > 2:1766109‑M2/1‑83 (MQ=255) tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg < 1:2734530‑M2/91‑9 (MQ=255) aCCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtt < 2:1804105‑M2/91‑11 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt > 2:3746718/1‑91 (MQ=255) aTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAttt > 1:2636963/1‑91 (MQ=255) tttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaat > 2:2916584/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 2:1029197/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 2:14300/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 2:14183/1‑91 (MQ=255) tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa > 2:1828731/1‑91 (MQ=255) tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa < 1:3755881/91‑1 (MQ=255) gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataag < 1:544240‑M1/91‑53 (MQ=255) gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat < 2:3099997/91‑1 (MQ=255) gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat > 2:2419019/1‑91 (MQ=255) tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc < 2:1280777/91‑1 (MQ=255) tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc < 1:3562324/91‑1 (MQ=255) aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa < 1:1283530/91‑1 (MQ=255) ggCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAt > 2:1243450/1‑91 (MQ=255) ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAATCGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt < 1:422007/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt > 1:1178112/1‑91 (MQ=255) ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt > 1:3275247/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat > 1:3254587/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat < 1:3133124/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatt < 1:3340743/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTATATTTAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt < 2:3229214/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt < 1:23083/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt < 2:3285082/91‑1 (MQ=255) tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt > 2:2798720/1‑91 (MQ=255) tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt > 1:3698484/1‑91 (MQ=255) tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt > 1:1634040/1‑91 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCCGTTGATTATCGGATTCATTCCATATATCAATTGCTTTTGTTATTTGAATAATGCTATTttttatttta < 2:471020/91‑1 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta < 1:2990410/91‑1 (MQ=255) tCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaa > 1:2455155/1‑91 (MQ=255) atTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCca > 2:3078670/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac < 2:2102121/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTTATGCTCACAg > 2:3654958/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt < 2:410660/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt > 2:2046762/1‑91 (MQ=255) acaaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgttattaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtc < 2:1337433‑M2/91‑52 (MQ=255) acaaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaa > 1:1971307/1‑91 (MQ=255) caaacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtca < 1:3682826‑M1/91‑84 (MQ=255) caaacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtca > 1:3550303‑M1/1‑8 (MQ=255) caaacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtca < 1:1568458‑M1/91‑84 (MQ=255) caaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaaa < 1:1084801/91‑1 (MQ=255) aaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaaaa > 1:799119/1‑91 (MQ=255) aacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcata > 1:3569395‑M1/1‑6 (MQ=255) aacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcata < 2:2837297‑M1/91‑86 (MQ=255) aacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcata > 1:2076601‑M1/1‑6 (MQ=255) aacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc > 1:2931018/1‑91 (MQ=255) aacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc > 1:455292/1‑91 (MQ=255) acGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatat < 2:106495‑M1/91‑87 (MQ=255) acGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatat > 1:561149‑M1/1‑5 (MQ=255) acGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatat > 2:3716120‑M1/1‑5 (MQ=255) acGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatat < 2:385102‑M1/91‑87 (MQ=255) acGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACt > 2:3101875/1‑91 (MQ=255) acGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACt > 1:1780015/1‑91 (MQ=255) cGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatg < 2:3393052‑M1/91‑88 (MQ=255) gCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgc < 1:2117807‑M1/91‑89 (MQ=255) gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgc < 2:18569‑M2/91‑58 (MQ=255) gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTaa > 1:1436845/1‑91 (MQ=255) cAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttactataagaaattgaatggccttatcaaatcgttggtcatatgcg > 1:3881709‑M1/1‑2 (MQ=255) cAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgcg > 2:1183292‑M1/1‑2 (MQ=255) cAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc < 2:2144319/91‑1 (MQ=255) aGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg < 2:1683539/91‑1 (MQ=255) aGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg > 1:2197705/1‑91 (MQ=255) aGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg > 1:2519941/1‑91 (MQ=255) | AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACG > USA300TCH1516_ALE/2434787‑2434967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |