| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2484170 | 151 (0.790) | 20 (0.130) | 11/132 | NT | 12.2% | intergenic (+32/+34) | USA300HOU_RS12795/mqo1 | hypothetical protein/putative malate:quinone oxidoreductase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2484183 | 163 (1.040) | intergenic (+45/+21) | USA300HOU_RS12795/mqo1 | hypothetical protein/putative malate:quinone oxidoreductase 1 | |||||
TGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2484067‑2484170‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacggtaatgtctTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGTT < USA300TCH1516_ALE/2484183‑2484094 TGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAATCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAA < 2:3199604/91‑1TGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAA > 2:221315/1‑91TGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAA < 1:684033/91‑1TGGATAATTCAATGCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAA < 2:412975/91‑1 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAGAATGACTTTTGTTAACCCCTAAAAAA > 2:3364648/1‑91 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAA > 2:1863881/1‑91 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAA > 1:3140854/1‑91 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAA < 1:637687/91‑1 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAA < 1:2747911/91‑1 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAA < 1:273952/91‑1 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAA > 2:872774/1‑91 GATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTGATTAACCACTAAAAAA > 2:2978296/1‑91 ATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAAC < 2:3099527/91‑1 ATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAAC > 1:3396486/1‑91 ATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACAATATTAACAAGCAAATGAAACAATTAAAGTGATTTTTATTAACCACTACAAAAC > 1:3615289/1‑91 TAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACG < 1:299502/91‑1 AATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGG > 2:1822468/1‑91 ATTGAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGT < 1:3496427/91‑1 ATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGT > 2:2031710/1‑91 ATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGT < 1:19893/91‑1 ATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGT < 2:3417809/91‑1 TTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTA < 1:1127738/91‑1 TTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTA < 2:2103400/91‑1 TTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTA < 1:2356512/91‑1 TCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAA > 1:1385173/1‑91 TCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACAACTAAAAAACGGTAA < 2:3718611/91‑1 CAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAAT < 1:83770/91‑1 AATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTGATG > 1:3008204/1‑91 AATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATG > 1:1132201/1‑91 AATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATG > 1:1132294/1‑91 AATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATG > 1:1340260/1‑91 ATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGT > 2:600020/1‑91 ATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGT > 1:1369668/1‑91 ATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGT < 2:2495522/91‑1 TTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTC < 2:1499492/91‑1 TCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCT > 2:1828392/1‑91 CTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTT > 2:1019390/1‑91 GAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGAT < 2:166644/91‑1 AACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTCATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATA < 2:2947583/91‑1 ACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAGCCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAG < 1:235578/91‑1 ACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAG < 2:3055635/91‑1 ACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAG < 2:681223/91‑1 ACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAG < 1:70573/91‑1 CTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGA < 1:3675952/91‑1 CTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGA < 1:2804948/91‑1 GTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACTATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATT < 2:2546227/91‑1 GTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATT < 1:1152514/91‑1 AGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTAC < 1:545093/91‑1 AGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTAC < 1:1879362/91‑1 ACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCG < 2:2268092/91‑1 ACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCG < 2:2267789/91‑1 CACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGT < 2:1176872/91‑1 CACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGT < 2:1177278/91‑1 CACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGT < 2:1177279/91‑1 CTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTT < 1:1533327/91‑1 TTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTT < 2:115133/91‑1 ATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAAT < 1:1019390/91‑1 AAACGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAG < 2:2206355/91‑1 CGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGT > 1:444098/1‑91 CGGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGT < 2:2501234/91‑1 GGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTC < 1:3149681/91‑1 GGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTC < 1:3149749/91‑1 GGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTC < 1:3150076/91‑1 GGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTC < 1:3150287/91‑1 GGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTC < 2:2746221/91‑1 GGTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAATAAATAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTC < 2:3543405/91‑1 GTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCT > 2:151059/1‑91 GTAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCT > 2:2222399/1‑91 TAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTA > 2:145965/1‑91 TAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTA > 1:879523/1‑91 TAATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTA > 2:1906219/1‑91 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC < 2:3455373/91‑1 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC < 2:1319540/91‑1 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC > 2:2939950/1‑91 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC > 2:2940060/1‑91 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC > 2:2940075/1‑91 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC < 2:1319566/91‑1 AATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTAC < 2:3458220/91‑1 ATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACG > 2:2706659/1‑91 ATGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACG < 1:3476826/91‑1 TGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGT < 1:2945540/91‑1 TGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGT < 1:2945291/91‑1 TGTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGT < 2:2280085/91‑1 GTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAACATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTACTAGTGTCTACGTA > 1:3876430/1‑91 GTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTA < 1:1734600/91‑1 GTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTA < 2:1358646/91‑1 GTCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTA < 2:1358952/91‑1 TCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAG < 1:456222/91‑1 TCTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAG > 2:1309957/1‑91 CTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGT < 2:1299587/91‑1 CTTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCACATGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGT > 2:3362500/1‑91 TTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGTT > 1:3818755/1‑91 TTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGTT > 2:3140854/1‑91 TTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGTT < 1:1850300/91‑1 TTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGTT > 1:824339/1‑91 TGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2484067‑2484170‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacggtaatgtctTTTTTAATGTGATAGACATTACCGTTTTTTAGTGGTTAATAAAAATCATTTTAATTGTTTCAGTTGCTTGTTAATAGTGTCTACGTAGTT < USA300TCH1516_ALE/2484183‑2484094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |