| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2484170 | 151 (0.790) | 20 (0.130) | 11/132 | NT | 12.2% | intergenic (+32/+34) | USA300HOU_RS12795/mqo1 | hypothetical protein/putative malate:quinone oxidoreductase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2484183 | 163 (1.040) | intergenic (+45/+21) | USA300HOU_RS12795/mqo1 | hypothetical protein/putative malate:quinone oxidoreductase 1 | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAATTTTATGATATAAATCCTCATGATCTGTTAAG > USA300TCH1516_ALE/2484093‑2484273 | gAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaaaaa > 1:3822007/1‑91 (MQ=255)gAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaaaaa > 1:1868373/1‑91 (MQ=255) aaCTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAa > 1:824339‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAa < 1:1850300‑M2/91‑2 (MQ=255) aCTACGTAGACACTATTAACAAGCATGTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAag > 2:3362500‑M2/1‑89 (MQ=255) cTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAaga < 1:456222‑M2/91‑4 (MQ=255) cTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAaga > 2:1309957‑M2/1‑88 (MQ=255) tACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagac < 2:1358952‑M2/91‑5 (MQ=255) aCGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagaca < 2:2280085‑M2/91‑6 (MQ=255) aCGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagaca < 1:2945540‑M2/91‑6 (MQ=255) cGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacat > 2:2706659‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacatt > 2:2939950‑M2/1‑84 (MQ=255) tAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacatta > 1:879523‑M2/1‑83 (MQ=255) aGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattac > 2:2222399‑M2/1‑82 (MQ=255) gACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattacc < 1:3149681‑M2/91‑11 (MQ=255) gACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattacc < 1:3150076‑M2/91‑11 (MQ=255) aTTAACAAGTAACTAAAACAAGTAAAATGATTTTTAATAAACAATAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcg < 2:761180/91‑1 (MQ=255) aTTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcg < 2:2588490/91‑1 (MQ=255) tAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcgtt > 2:2851788/1‑91 (MQ=255) aaCAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcgttt > 1:3471774/1‑91 (MQ=255) aCAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTtta > 1:3833988/1‑91 (MQ=255) aCAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTtta > 2:2298009/1‑91 (MQ=255) cAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTttat > 1:310600/1‑91 (MQ=255) cAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACAGCTTCGTttat > 2:3757804/1‑91 (MQ=255) aaGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTttatt > 1:3460916/1‑91 (MQ=255) gCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAGCGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTtattat < 1:248478/91‑1 (MQ=255) gCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTtattat < 2:1274180/91‑1 (MQ=255) gCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTtattat > 2:3787679/1‑91 (MQ=255) tGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAAc > 1:535656/1‑91 (MQ=255) tGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAAc > 2:3295419/1‑91 (MQ=255) aaCAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTg > 2:3554925/1‑91 (MQ=255) aaCAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTg > 1:590132/1‑91 (MQ=255) aaCAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTg < 1:2617168/91‑1 (MQ=255) aCAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGt < 2:2125647/91‑1 (MQ=255) aaTTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTaa < 2:3514956/91‑1 (MQ=255) aTTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattaccgttttttagtggttaataaaaatcat < 1:1019390‑M2/91‑37 (MQ=255) aTTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTaaa < 1:3585493/91‑1 (MQ=255) tAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATa < 1:3257563/91‑1 (MQ=255) tAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATa > 2:1747105/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATa < 1:1821343/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACt > 2:530198/1‑91 (MQ=255) aaTGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACtt < 2:1980630/91‑1 (MQ=255) aTGATTTTTTTTTTCTACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTa > 2:1353288/1‑91 (MQ=255) tGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAg < 2:1389296/91‑1 (MQ=255) gATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGt < 2:1536101/91‑1 (MQ=255) ttttATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTAc > 2:3688523/1‑91 (MQ=255) ttattaACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTActt > 1:2714398/1‑91 (MQ=255) attaACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTActtct < 2:1579597/91‑1 (MQ=255) taACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACttcttc < 1:3716947/91‑1 (MQ=255) aaCCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCa < 2:2634184/91‑1 (MQ=255) aCCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCAt < 1:1654808/91‑1 (MQ=255) ccACAAAAAAACCGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCCATTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCAtt < 2:646168/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTaa > 1:2422501/1‑91 (MQ=255) tAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAAtt > 1:2586414/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |